Το Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο της Έμπολι και η Κοιλάδα του μεσαίου Σελέ, ανοιχτό στο κοινό από τον Μάρτιο του 2000, βρίσκεται στο πρώην μοναστήρι του San Francesco, ένα μνημειώδες συγκρότημα που χρονολογείται από τον δέκατο τρίτο αιώνα και έχει ανακαινιστεί εκτενώς κατά τη διάρκεια του δέκατου έκτου αιώνα.
Η διάταξη, που δεν έχει ακόμη ολοκληρωθεί σε όλες τις ενότητες, οργανώνεται σύμφωνα με Χρονολογικά κριτήρια. Η πρώτη ενότητα είναι αφιερωμένη στην αρχαιότερη μαρτυρία επέστρεψε από το έδαφος ebolitano: τα στοιχεία που χρονολογούνται από τη Νεολιθική Άνω εξής εικόνα των τάφων που βρέθηκαν σε Madonna della Catena και χρονολογείται από το Eneolithic περίοδο (facies λεγόμενη "Gaudo"). Τα στοιχεία που σχετίζονται με την εποχή του χαλκού τεκμηριώνουν την κατάληψη των λοφώδεις περιοχές από μικρούς οικισμούς που συνδέονται με τις πρακτικές της εποχικότητας και ανοικτή σε επαφές με το εξωτερικό, όπως αποδεικνύεται, για τον XI αιώνα π.χ., η παρουσία Μυκηναϊκού τύπου κεραμικής.
Η δεύτερη ενότητα είναι αφιερωμένη στην έκθεση των πλούσιων ταφικών κιτ που, ξεκινώντας από την εποχή του σιδήρου, δείχνουν μια ουσιαστική συνέχεια της κατοχής του οικισμού της Έμπολι μέχρι τη Ρωμαϊκή εποχή, όταν η Έμπολι (Eburum) αναλαμβάνει την ιδιότητα του municipium.
Εκτός από την τεκμηρίωση σχετικά με την Έμπολι, η διαδρομή του μουσείου περιλαμβάνει ένα παράδειγμα των ευρημάτων που βρέθηκαν στην πόλη Campagna και στο Oliveto Citra.