Η υπέροχη εκκλησία της Παναγίας της Παραπορτιανής είναι από τις πιο πολυφωτογραφημένες εκκλησίες όχι μόνο στη Μύκονο αλλά και σε ολόκληρο τον κόσμο. Βρίσκεται στην είσοδο της γειτονιάς του Κάστρου, ακριβώς δίπλα στη θάλασσα. Το όνομα της εκκλησίας (Παραπορτιανή) σημαίνει στέκεται δίπλα στην πόρτα της εισόδου, καθώς η εκκλησία βρισκόταν δίπλα στην πόρτα του Κάστρου. Η εκκλησία έχει μια μοναδική κατασκευή που την καθιστά μια από τις πιο ενδιαφέρουσες εκκλησίες στην Ελλάδα. το πιο μοναδικό μέρος αυτής της εκκλησίας είναι ότι στην πραγματικότητα αποτελείται από πέντε μικρές εκκλησίες που χτίστηκαν η μία πάνω ή δίπλα στην άλλη. Η εκκλησία του Αγίου Ευσταθίου είναι το κέντρο αυτού του συγκροτήματος και περιβάλλεται από τις εκκλησίες των Αγίων Αναργύρων, του Αγίου Σώζωνος και της Αγίας Αναστασίας. Στην κορυφή αυτών των τεσσάρων εκκλησιών βρίσκεται η εκκλησία της Παναγίας, η οποία μοιάζει με τρούλο. Οι πέντε εκκλησίες δεν κατασκευάστηκαν ταυτόχρονα, αλλά σταδιακά κατά τη διάρκεια αιώνων. Η παλαιότερη εκκλησία είναι οι Άγιοι Ανάργυροι, η οποία χτίστηκε στα τέλη του 14ου αιώνα. Οι άλλες εκκλησίες χτίστηκαν τον 16ο και τον 17ο αιώνα, ενώ έγιναν ανακαινίσεις μέχρι το 1920.
