Κατά την περίοδο Νάρα, πριν από δεκατρείς εκατοντάδες χρόνια, κατόπιν αιτήματος του αυτοκράτορα Σόμου, ο ιερέας Γκιοκί ίδρυσε σαράντα εννέα ναούς της αίρεσης Χόσσο, μεταξύ των οποίων και ο ναός Σαϊχότζι. Λέγεται ότι πριν από την ίδρυση του ναού, κατά την περίοδο Asuka, ήταν αρχικά μία από τις βίλες του πρίγκιπα Shōtoku.
Στις αρχές της περιόδου Χεϊάν, ο Κόμπο Νταΐσι έζησε προσωρινά στο ναό, αλλά μέχρι την περίοδο Καμακούρα, το Χόουνεν είχε κάνει τη μετατροπή του σε ναό της αίρεσης Τζόντο. Το 1339, εν μέσω της μεταπολεμικής καταστροφής της εποχής, ο Musō Kokushi, ένας από τους πιο αξιοσέβαστους ιερείς Ζεν στην Ιαπωνία εκείνη την εποχή, τον αναβίωσε ως ναό Ζεν, μετά από πρόσκληση του Fujiwara Chikahide (αρχιερέα του ναού Matsunō).
Έκτοτε, τον ναό επισκέφθηκαν πολλοί που ενδιαφέρονταν για την εξάσκηση του Ζαζέν, συμπεριλαμβανομένων των Ashikaga Yoshimitsu και Yoshimasa. Λέγεται επίσης ότι ο ναός Saihoji ήταν το πρωτότυπο των ναών που αντιπροσώπευαν την περίοδο Muromachi και το πρότυπο για ναούς που θα ακολουθούσαν, όπως οι περίφημοι Kinkakuji (Χρυσό Περίπτερο) και Ginkakuji (Ασημένιο Περίπτερο).
Ο κήπος έκτασης 35.000 τετραγωνικών μέτρων περιλαμβάνεται σήμερα στους ιστορικούς τόπους και τα μέρη γραφικού κάλλους της Ιαπωνίας και καταχωρήθηκε το 1994 στην Παγκόσμια Πολιτιστική Κληρονομιά της UNESCO ως ιστορικό μνημείο του Αρχαίου Κιότο. Σήμερα, από τα όμορφα βρύα που καλύπτουν την περιοχή, είναι επίσης ευρέως γνωστός ως Kokedera (Ναός Βρύα).
