Το Αντωνιακό μουσείο, που άνοιξε ξανά το 1995, προσφέρει μια μοναδική διαδρομή ανάμεσα στους καλλιτεχνικούς θησαυρούς που έγιναν, ανά τους αιώνες, για τη βασιλική και για την σεβάσμια Κιβωτό του Αγίου Αντωνίου: πίνακες ζωγραφικής, γλυπτά, σοβάδες, ιερά άμφια, ταπετσαρίες, χρυσοχόοι, μέχρι σήμερα ελάχιστα προσβάσιμοι στο κοινό. Εκτίθενται σε αυθεντικά αριστουργήματα της τέχνης: η lunette τοιχογραφίες από Mantegna για την πύλη της Βασιλικής,τα ξύλινα ένθετα του δέκατου πέμπτου αιώνα, το πολύτιμο πλοίο της τέχνης του χρυσοχόου η γερμανική Cinqucento, το βωμό-κομμάτια από Tiepolo και Piazzetta, ένα σπάνιο λειτουργικό άμφια υφασμένα στη Λυών στο δέκατο όγδοο αιώνα.
