Собор Святого Петра був заснований в кінці 7 століття Амандусом, місіонером, посланим франкськими королями для звернення в християнство язичницьких жителів регіону, який заснував в цьому районі два монастирі: Святого Баво і Святого Петра на Бландійнберзі. Взимку 879-80 років абатство піддалося набігу і розграбуванню норманів, і воно залишалося відносно бідним до 10 століття, коли пожертвування майна і реліквій графа Арнульфа I значно збагатили його, як і подальші пожертвування двоюрідного брата Арнульфа, короля Англії Едгара. До другої половини століття це було найбагатше абатство у Фландрії, а репутація абатської школи поширилася далеко за межі міста.
У 984 році Герберт Орійакскій, директор кафедральної школи Реймса (згодом папа Сильвестр II), поцікавився, чи можуть учні з Реймса бути прийняті в собор Святого Петра, і Його слава як центру вільних мистецтв тривала і в 11 столітті. Собор Святого Петра, завдяки своєму володінню великими ділянками землі, також зіграв новаторську роль в землеробстві в 12-13 століттях, перетворивши ліси, вересові пустки і болота в сільськогосподарські угіддя. У 15 столітті в рамках масштабної програми будівництва були створені бібліотека і скрипторій абатства, Розширена трапезна, а Церква абатства та інші будівлі були значно прикрашені.
Перший занепад Святого Петра почався після повстання в Генті в 1539 році, а до 1560-х років Нідерланди занурилися в релігійну кризу, яка призвела до нападу іконоборців в 1566 році, в результаті якого Церква абатства була зруйнована, бібліотека розграбована, а інші будівлі сильно пошкоджені. Лазарет був використаний як тимчасове житло для ченців, а трапезна використовувалася як місце поклоніння. Проте опір продовжувався, і в 1578 році Абат і ченці були змушені бігти в Дуе. Будівлі абатства були продані з публічних торгів і частково знесені, а матеріали були використані для будівництва міських стін. Абатство, нарешті, повернулося в руки церкви в 1584 році, і в кінцевому підсумку воно було перебудовано з новою церквою абатства, побудованої в 1629 році в стилі бароко, а також кількома іншими новими будівлями і реконструкціями. У 18 столітті абатство знову процвітало, так як були побудовані нові будівлі і розширені старі, в тому числі було перетворено Старий гуртожиток в бібліотеку з більш ніж десятьма тисячами книг.
Однак кінець був не за горами: спочатку Брабантська революція 1789-90 років, потім Французьке вторгнення 1793 року. Нарешті, 1 вересня 1796 року Директорія скасувала всі релігійні установи. У 1798 році бібліотека була спустошена і врешті-решт передана Гентському університету. З 1798 року Церква абатства використовувалася як музей, але в 1801 році була повернута у власність церкви. У 1810 році інша частина абатства перейшла у власність міста Гент і була частково знесена для будівництва військових казарм, які залишалися на цьому місці до 1948 року.
Приблизно в 1950 році місто розпочало програму реставрації, яка триває до цих пір, яка почалася з монастиря і капітулу, потім західного крила, включаючи стару трапезну і кухні. Роботи над винними погребами та горищами були завершені в 1970 - х роках, а в 1982 році були завершені роботи над садами абатства, а в 1986 році-над терасою. У 1990-і роки почалася реставрація трапезного крила.
В даний час абатство використовується як музей і виставковий центр, де в 2000 році була проведена велика виставка в рамках Року імператора Карла, а в жовтні 2001 року відбулося 88-е засідання Європейської Ради.
