Археологический музей Миконоса был построен в 1902 году. Музей был создан в первую очередь для того, чтобы сохранить остатки, извлеченные из Очистительной ямы, которая датируется 426-425 гг. до н.э. Эта яма была обнаружена в 1898 году известным ученым Д. Ставропулосом на живописном островке Ренея. Элегантная архитектура музея была разработана известным архитектором Александросом Ликакисом. Идея строительства здания, в котором разместился музей, принадлежит Министерству образования в сотрудничестве с Археологическим обществом Афин. Коллекция ваз, относящихся к эллинистическому периоду, также примечательна своим присутствием. Одной из главных достопримечательностей музея является довольно художественно выполненный пифос, искусно изображающий сцены взятия Трои. Этот замечательный пифос был найден в 1961 году во время рытья колодца на Миконосе.
На пифосе художественно изображено падение троянской армии с квинтэссенциального деревянного коня. Тело пифоса закрыто панелями, изображающими солдат, идущих в наступление на невинных женщин и детей. Ученые считают, что пифос датируется 7 веком до нашей эры. Здесь же находится массивная архаическая амфора, привлекающая внимание замысловатым украшением. Особое значение имеет статуя со сфинксом на шее и головой лошади на теле.
Обращает на себя внимание могильная стела Гликона, которая была случайно обнаружена в море. Жертва изображена сидящей на камнях, в тяжелом и задумчивом настроении, безучастно смотрящей в сторону носа корабля. На постаменте имеется надпись со словами: Гликон, сын Протогениса, добродетельный, прощай. Эта надгробная стела является одной из бесценных коллекций музея.
Кроме надгробной стелы Гликона, здесь также находится надгробная стела Терции Горарии. Умершая женщина изображена сидящей и протягивающей руку прощания своему мужу, который стоит прямо перед ней. Здесь также изображен ребенок-рабыня с ювелирным сосудом своей умершей госпожи. Эта могильная стела была установлена поверх мраморного саркофага с надписью Tertia Horaria на известном эллинистическом кладбище, расположенном в Ренее. Считается, что она относится ко II веку до нашей эры.
Здесь же находится статуя Геракла из Ренеи. Эта бесценная статуя была найдена в 1899 году внутри безопасного рая Геракла. Храбрец изображен обнаженным и держит в левой руке булаву и львиную шкуру. Эта изысканная статуя сделана из лучшего сорта парийского мрамора и, предположительно, относится ко II веку. Кикладская сковорода с замысловатым украшением, включающим женские гениталии на нижней части, была найдена в могиле на Миконосе и, как полагают, относится к ранней кикладской эпохе.
Один из самых известных артефактов музея - архаическая гидрия, украшенная причудливым цветочным узором и изображениями лошадей. Это всего лишь одна из многих ваз, найденных в Очистительной яме. Стоит обратить внимание и на удивительную краснофигурную гидрию с изображением летящей Никеи. С левой стороны виден бегущий олень.
Древнегреческая цивилизация, как известно, использовала глину для придания формы художественным фигурам. В Археологическом музее Миконоса выставлена превосходная глиняная фигурка красивой женщины, изображенной в традиционном хитоне и гиматии. Эта редкая глиняная статуэтка была обнаружена в Ренее и датируется II веком. Также бросается в глаза статуэтка мертвого мужчины в традиционной одежде. Как и глиняная статуэтка прекрасной женщины, эта статуэтка мертвого мужчины тоже была найдена в эллинистической Ренее.