Признанная объектом Всемирного наследия ЮНЕСКО, базилика Святого Франциска была построена под руководством брата Элиаса, генерального викария и архитектора ордена, начиная с 1228 года, всего через два года после смерти святого, как место, предназначенное для захоронения его останков. Папа Григорий IX заложил первый камень 17 июля 1228 года, на следующий день после канонизации святого Франциска, на месте, ранее использовавшемся для казней и захоронений преступников. Согласно преданию, сам Франциск на смертном одре указал это место своим спутникам как место для своего погребения.
Внешний вид Внешний вид базилики имеет очевидные отсылки к французской готике в парящем фасаде и двудольном дверном проеме, освещенном горизонтальными кронштейнами и розовым окном с типично умбрийским внешним видом, а также с тяжелой, широкой колокольней. Все поверхности выложены камнем с горы Субазио, который днем имеет розовый цвет и сияет белым в лунном свете.
Нижняя церковь Посетители входят в нижнюю базилику сбоку, через двойной дверной проем 13 века, увенчанный проти-ром эпохи Возрождения. Интерьер имеет один неф, разделенный на пять отсеков низкими аркадами, с боковыми часовнями конца 13 века. В первом отсеке, у входа, выставлены две большие готические гробницы 14 века, а между ними - кафедра с основанием 13 века, с задними пристройками и переделками. Напротив входа находится часовня Святой Екатерины, или Распятия, украшенная циклом фресок болонца Андреа Бартоли (1368) и освещенная многостворчатыми окнами 14 века. Многоцветное деревянное распятие на алтаре датируется концом пятнадцатого века. На стенах нефа сохранились остатки фресок со сценами Страстей Христовых (справа) и историями из жизни Святого Франциска (слева), написанных так называемым Мастером Святого Франциска (около 1253 года). Ближе к концу левой стены, в нише над готическим возвышением, находится фреска Пуччо Капанны "Коронация Девы Марии" (14 в.). В середине нефа лестница ведет вниз в склеп; за алтарем находится урна с останками святого, защищенная железной решеткой. Возвращаясь к церкви, Часовня Магдалины хранит драгоценные фрески (примерно 1314 года), изображающие истории Марии Магдалины и святых, приписываемые школе Джотто, и, возможно, включающие некоторые картины, написанные рукой мастера. В первой часовне слева представлены эпизоды из жизни святого Мартина, написанные Симоной Мартини (1312-1320). В склепном переходе, над готическим алтарем, находятся другие фрески, приписываемые помощникам Джотто, в том числе маэстро делле Веле (Мастеру ассизских склепов). Стены и бочкообразный свод правого трансепта сохранили фрески школы Джотто и Мадонну на троне с Ангелами и Святым Франциском, великолепную композицию Чимабуэ, которая была частично уменьшена. На соседней стене в конце находятся пять фигур святых, приписываемых Симоне Мартини. Часовня Святого Николая также украшена фресками школы Джотто (1300-1310), возможно, выполненными при содействии самого мастера и представляющими истории этого святого. В нише над алтарем находится готическая гробница Джованни Гаэтано Орсини работы неизвестного умбрийского мастера. На стенах и на своде левого трансепта посетители могут полюбоваться циклом Страстей Христовых и Мадонной со святыми работы Пьетро Лоренцетти и его мастерской (1315-20), а также другими картинами.
Верхняя церковь Если торжественная и темная нижняя базилика приглашает к покаянию и тишине, то верхняя церковь взмывает в небо, воздушная и светлая. Выполненный в готическом стиле с французским влиянием, неф имеет четыре пролета, поперечные своды, многоугольный трансепт и апсиду. Трансепт чудесно украшен фресками Чимабуэ со знаменитым Распятием, сценами Апокалипсиса и Историями о Святом Петре. Цикл, начатый в 1277 году, был поврежден изменениями, в которых белый цвет приобрел темный оттенок, придавая некоторым изображениям вид фотографических негативов. Чимабуэ и его помощники также нарисовали четырех Евангелистов на потолке над готическим главным алтарем и фрески с историями о Марии на стенах. В верхней части нефа находится цикл фресок с сюжетами из Нового и Ветхого Завета, которые, как считается, частично принадлежат художникам римской школы, а частично последователям Чимабуэ. Пространство повествовательных сцен перемежается окнами, украшенными средневековыми витражами, которые, несмотря на реконструкцию, составляют один из самых полных подобных комплектов в Италии. Нижняя часть стен нефа украшена знаменитым циклом фресок, разработанным Джотто, который руководил его завершением другими руками. Цикл содержит сцены из жизни святого Франциска, от его юности до смерти и до приписываемых ему посмертных чудес, обрамленные расписной архитектурой с изображением колонн и кронштейнов.
