Призната за обект на световното наследство на ЮНЕСКО, базиликата на Свети Франциск е построена под ръководството на брат Елиас, генерален викарий и архитект на ордена, като започва през 1228 г., Само две години след смъртта на светеца, като място, предназначено да получи останките му. Първият камък е положен от папа Григорий втори на 17 юли 1228 г., ден след канонизирането на Свети Франциск, на мястото, използвано преди това за екзекуции и погребения на престъпници. Според традицията, самият Франциск, на смъртния си одър, посочил това място на другарите си като място за погребението му.
Екстериор Екстериорът на базиликата има очевидни препратки към френската Готика в извисяващата се фасада и двустранната врата, осветена от хоризонталните скоби и розетния прозорец с типичен умбрийски външен вид и с тежка, широко структурирана камбанария. Всички повърхности са в камък от планината. Субазио, който има розов цвят през деня и свети бяло на лунна светлина.
Долна църква Посетителите влизат в долната базилика отстрани, през двойна врата от 13-ти век, покрита с ренесансов протир. Интериорът има един кораб, разделен на пет залива с ниски аркади, със странични параклиси от края на 13 век. В първия залив, на входа, са изложени две големи Готически гробници от 14 в., а между тях амвон с 13 в. основа, със задни допълнения и преработка. Срещу входа е параклисът на Света Екатерина, или на разпятието, украсен с цикъл от стенописи на Болонезе Андреа Бартоли (1368) и осветен от мулирани прозорци от 14 в. Полихромното дървено разпятие на олтара датира от края на петнадесети век. Стените на кораба носят останки от стенописи със сцени от Страстите Христови (вдясно) и разкази от живота на Свети Франциск (вляво), от така наречения майстор на Свети Франциск (около 1253 г.). Близо до края на лявата стена, в ниша над готически подиум, е фреска на коронацията на Дева Мария от Пучо капана (14 в.). В средата на кораба стълбище води надолу към криптата; зад олтара е урната, съдържаща останките на светеца, защитена от желязна решетка. Връщайки се в църквата, параклисът на Магдалена запазва ценни стенописи (от около 1314 г.), изобразяващи истории за Мария Магдалена и светиите, приписвани на школата на Джото, и може би включващи някои картини от ръката на учителя. Първият параклис вляво показва епизоди от живота на Свети Мартин, от Симон Мартини (1312-1320). В пресичането на трезора, над Готическия олтар, има други стенописи, приписвани на асистентите на Джото, включително Маестро деле Веле (майстор на асизските трезори). Стените и цевният свод на десния трансепт запазват стенописи от школата на Джото и Мадона, ръкоположена с ангели и Свети Франциск, голяма композиция на Чимабуе, която е частично намалена. На съседната стена в края са пет фигури на светци, приписвани на Симон Мартини. Параклисът Свети Никола също е украсен със стенописи от школата на Джото (1300-1310 г.), вероятно изпълнени с помощта на самия майстор и представляващи истории за този светец. В ниша над олтара е готическата гробница на Джовани Гаетано Орсини от неизвестен умбрийски майстор. По стените и на свода на левия трансепт посетителите могат да се възхищават на цикъла на Страстите Христови и Мадона и светци от Пиетро Лоренцети и неговата работилница (1315-20), наред с други картини.
Горна църква Ако тържествената и тъмна Долна базилика приканва покаяние и мълчание, горната църква се издига в небето, просторна и светла. В готически стил с френски влияния, корабът има четири залива, кръстосан свод и многоъгълен трансепт и апсида. Трансептът е чудесно украсен със стенописи от Чимабуе, с прочутото разпятие, сцени от Апокалипсиса и историите на Свети Петър. Започнал през 1277 г., цикълът е бил повреден от промените, при които белият цвят е придобил тъмен тон, давайки на някои изображения вид на фотографски негативи. Чимабуе и неговите помощници също рисуват четиримата евангелисти на тавана над Готическия висок олтар и стенописите с истории за Мария по стените. В горната част на наоса има цикъл от стенописи с истории от Новия и Стария Завет, за които се смята, че отчасти са дело на художници от Римската школа и отчасти от последователи на Чимабуе. Пространството на наративните сцени е осеяно с прозорци, украсени със средновековни витражи, които въпреки реконструкцията съставляват един от най-пълните такива комплекти в Италия. Долната част на стените на кораба е украсена с известния стенописен цикъл, проектиран от Джото, който наблюдава завършването му от други ръце. Цикълът съдържа сцени от живота на Свети Франциск, от младостта му до смъртта и до приписваните му посмъртни чудеса, оформени с изрисувана архитектура, изобразяваща колони и скоби.
