Бонифачо е разположен директно на Средиземно море, отделен от Сардиния с пролива Бонифачо. Градът е разположен на най-доброто и единствено голямо пристанище на южното крайбрежие, а също така е и община, обхващаща малко по-голям регион, включително офшорните острови Лавеци, което му дава отличието да бъде най-южната община в метрополията на Франция.