Боніфачо розташоване безпосередньо на березі Середземного моря, відокремлене від Сардинії протокою Боніфачо. Це місто розташоване в найкращій і єдиній великій гавані південного узбережжя, а також є комуною, що охоплює дещо більший регіон, включаючи офшорні острови Лавецці, що робить його найпівденнішою комуною в метрополії Франції.