Гробница Санта-Кьяра была задумана и предназначена за пределами городских ворот, в церкви Сан-Джорджо, где Франческо был уже временно похоронен и где был похоронен святой 12 августа 1253 года. Церковь Святого Георгия находилась недалеко от одноименных городских ворот, чуть ниже дороги, которая, выйдя из города, вела к” versus Ispellum"; еще одна дорога поднималась к Сан-Руфино, а третья, обогнув римскую стену, спускалась к воротам Мояно. Поэтому место называлось "Tribium S. Georgii". Между улицей и церковью стоял, недолго, пристроенный к церкви госпиталь; все зависело от главы собора.
В то время как для церкви-мавзолея, который должен быть поднят в честь святого Франциска, было определено место только через два года после смерти, для того, чтобы посвятить Санта-Кьяра, мы сразу же направились в другую часть города, рядом с церковью Сан-Джорджо (Марино Бигарони, Базилика Сан-Кьяра в Ассизи, стр. 13). Через три года после смерти и через год после канонизации С. Кьяра в 1257 году началось строительство базилики Санта-Кьяра вокруг древней церкви Сан-Джорджо, которая до 1230 года охраняла смертельные останки святого Франциска. Останки святой были перенесены уже в 1260 году, а торжественное освящение состоялось в 1265 году в присутствии Климента IV. Строительные работы выполнил архитектор Филиппо да Кампелло. Склеп, в котором сегодня находится гробница святой, был построен только в 1850 году.