Гробниця Санта-Кьяра була задумана і призначена за межами міських воріт, в церкві Сан-Джорджо, де Франческо був вже тимчасово похований і де був похований святий 12 серпня 1253 року. Церква Святого Георгія знаходилася недалеко від однойменних міських воріт, трохи нижче дороги, яка, вийшовши з міста, вела до" versus Ispellum"; ще одна дорога піднімалася до Сан-Руфіно, а третя, обігнувши римську стіну, спускалася до воріт Мояно. Тому місце називалося "Tribium S. Georgii". Між вулицею і церквою стояв, недовго, прибудований до церкви госпіталь; все залежало від глави собору.
У той час як для Церкви-мавзолею, який повинен бути піднятий на честь святого Франциска, було визначено місце тільки через два роки після смерті, для того, щоб присвятити Санта-Кьяра, ми відразу ж попрямували в іншу частину міста, поруч з церквою Сан-Джорджо (Марино Бігароні, Базиліка Сан-Кьяра в Ассізі, стор 13). Через три роки після смерті і через рік після канонізації с. Кьяра в 1257 році почалося будівництво базиліки Санта-Кьяра навколо стародавньої церкви Сан-Джорджо, яка до 1230 року охороняла смертельні останки святого Франциска. Останки Святої були перенесені вже в 1260 році, а урочисте освячення відбулося в 1265 році в присутності Климента IV. Будівельні роботи виконав архітектор Філіппо да Кампелло. Склеп, в якому сьогодні знаходиться Гробниця Святої, був побудований тільки в 1850 році.
