Основание Зоологической станции датируется мартом 1872 года. Антон Дорн, основатель и первый директор, родился в Щецине, Померания, ныне часть Польши, в 1840 году в обеспеченной семье среднего класса. Дохрн изучал зоологию и медицину в различных немецких университетах, но без особого энтузиазма. Его идеалы изменились летом 1862 года, когда он приехал в Йену и встретил там Эрнста Геккеля, который познакомил его с трудами и теориями Чарльза Дарвина. Дорн стал горячим защитником дарвиновской теории "происхождения с изменениями", теории эволюции путем естественного отбора. Затем он решил посвятить свою жизнь сбору фактов и идей в поддержку дарвинизма, и это стало отправной точкой в приключении всей его жизни. Во время своей университетской карьеры он проводил периоды исследований на морском побережье: на Гелиголанде, в Гамбурге, Милпорте в Шотландии и Мессине. Здесь сформировался план покрыть земной шар сетью биологических исследовательских станций, аналогичных железнодорожным вокзалам, где ученые могли бы останавливаться, собирать материал, проводить наблюдения и эксперименты, а затем переходить к следующей станции.Столкнувшись с многочисленными трудностями, Дорн начал фантазировать о возможности того, что морские биологи, прибыв на море, найдут готовый верстак с лабораторией, оборудованием, химикатами, журналами и книгами, информацией о том, где и когда можно найти определенные виды, а также полезной информацией о местных морских условиях, морском дне и береговой линии. Попробовав осуществить свой проект в Мессине, Дорн решил, что Неаполь будет идеальным местом для его станции. Выбор этого города был обусловлен большим биологическим богатством Средиземного моря, а также возможностью развития исследовательского института большого международного значения в городе, который сам был международным по масштабам и большим по размерам. После посещения Берлинского аквариума, который только что был открыт, он подумал, что публичный аквариум может зарабатывать достаточно, чтобы оплачивать услуги постоянного ассистента для лабораторий. Неаполь с его 500 000 жителей был одним из крупнейших и наиболее привлекательных городов Европы, с большим притоком туристов (30 000 в год), потенциальных посетителей аквариума.Сочетая воображение, силу воли, дипломатические способности и хорошую порцию удачи, при дружеской поддержке ученых, художников и музыкантов, Антон Дорн преодолел сомнения, невежество и непонимание и сумел убедить городские власти предоставить ему бесплатно участок земли на берегу моря, в прекрасной Вилле Комунале, тогда еще Королевском парке. Со своей стороны, он обещал построить Зоологическую станцию за свой счет. Дохрн точно знал, что и как он хочет, и сам подготовил планы строительства. Фундамент был заложен в марте 1872 года, а к сентябрю 1873 года строительство было завершено. После первого здания, в настоящее время центральной части, в 1885-1888 годах было добавлено второе здание, соединенное с первым мостом, а внутренний двор и западная часть были построены в 1905 году. Только через пятьдесят лет между первым и вторым зданиями была встроена библиотека.Публичный аквариум площадью 527 квадратных метров был открыт 26 января 1874 года и по сей день остается уникальным, поскольку с момента своего создания он практически не изменился; это самый старый аквариум XIX века, который все еще действует, и единственный, посвященный исключительно фауне и флоре Средиземноморья. Он был построен под руководством Уильяма Альфорда Ллойда, английского инженера, который участвовал в проектировании общественных аквариумов в Гамбурге и Лондоне.Официальное открытие Зоологической станции состоялось 14 апреля 1875 года.Согласно последним исследованиям в области социологии организации, Зоологическая станция предвосхитила постиндустриальную модель планирования научных исследований на пике индустриальной эпохи, которая предпочитала типично современные темы, такие как междисциплинарность, управленческая способность к самофинансированию (через аквариум и продажу морских животных другим исследовательским институтам и т.д.), а также поощрение сотрудничества и взаимодействия всех участников исследований (сотрудников, техников, рыбаков и санитаров). В его лабораториях активно работали 19 лауреатов Нобелевской премии, что дало значительный импульс развитию биологических наук.