Иқомат дар пойтахти Малта бидуни боздид аз Кофедрали Сент Ҷон ба Малта комил нест. Лоиҳа дар соли 1572 аз ҷониби Гранд Мастер Жан де ла Кассиер ба сифати калисо барои ордени Найтсҳои Сент Юҳанно таъин шуда буд ва аз ҷониби меъмори Малта Героламо Кассар тарҳрезӣ шудааст. Кор то соли 1577 ба итмом расида, ба Яҳёи Таъмиддиҳанда, яке аз ду муқаддасоти ҳомии орден бахшида шудааст. Ко-соборҳои Сент Ҷон дар Валлетта аҳамияти масеҳиятро барои кишвари Малта нишон медиҳанд. Аз берун, ин калисои асри 16 он қадар ба назар нарасидааст, аммо ба дохили он назар андозед ва шуморо сюрпризи воқеӣ интизоред. Собор дар асри 17 таъмир карда шудааст ва дорои ороиши барокко зебо мебошад. Ба ғайр аз санъат ва ёдгориҳои ғании барокко, Кобор инчунин фрескаҳои барокко, фаршҳои мармарии ороишӣ, муҷассамаҳои сеченака, деворҳои сангии кандакорӣ ва шифтҳои ганҷдор аз ҷониби рассоми маъруфи бароккои итолиёвӣ Маттиа Прети оро дода шудаанд. Ко-собор инчунин макони яке аз асарҳои эътирофшудаи байналмиллалии Микеланджело Мериси да Караваджио мебошад, ки бо номи "Сар буридани Юҳаннои Таъмиддиҳанда" маъруф аст. (1608). Тасвир, ки дар дохили Оратория ҷойгир аст, бузургтарин асари санъати Караваггио ва ягонаест, ки имзои ӯро дорад. Ҳар рӯзи сол, меҳмонон барои дидани осори машҳур ба собор мераванд ва бисёриҳо ҳар дафъае, ки дар ҷазира буданд, ба калисо бармегарданд. Худи Собор аз нӯҳ калисои зебо оро дода шудааст, ки дар ҳар ду тараф аст; ҳаштто барои ҳар як забонҳои рыцарҳои Сент Ҷон сохта шудаанд ва нӯҳум ба муқаддаси сарпарасти онҳо, хонуми мо аз Филермос, муқаддаси дигари орден бахшида шудааст. Дар калисои охирин низ як тасвири қадимии бонуи Филермос ҷойгир аст, ки Найтсҳо онро ашёи муқаддас медонистанд. Кофедраали Сент Ҷон Малта инчунин як макони пурасрор дорад, ки дар он қабрҳои бузурги устодони гузаштаи Найтсҳои Сент Ҷон ҷойгир аст.
