В римско време остров Патмос е бил място на изгнание, а ученикът на Исус, Свети Йоан през 95 г.сл. Хр., се озовал на Острова, защото бил осъден на изгнание за две години. Всъщност Патмос е изрично споменат в работата като място, където е имал виденията си и е написал Апокалипсиса, последната от 27-те книги на Новия Завет. Пещерата "Света Анна", в която трябваше да се случи това, се смята за едно от най-важните места в християнството. И според този Патмос той се нарича "Йерусалим на Средиземноморието". Манастирът е основан от Светия Христос по време на арабския период през 11 век и по-късно е кръстен на Свети Йоан Богослов. Патмос е почти пуст, когато този талантлив и образован монах, Св. Cristodulo в 1088 г., е поискал и е получил в управлението на целия остров от византийския император Алексий I Комнина, защото той основал манастир в чест на Свети Йоан Богослов. Сан Кристодул остава в Патмос до 1108 г., когато е принуден да го напусне поради нахлуването на турски пирати и умира през същата година в Евбея. Мечтата му обаче продължава да вдъхновява други монаси, които продължават работата си през следващите векове и разширяват манастира между петнадесети и седемнадесети век. Основаването на манастира "Св. Йоан Богослов" поставя началото на културен и религиозен път, който води острова до ориентир за цялото християнство. От този момент започна изненадващо развитие на остров Патмос, не само от културна, но и от икономическа гледна точка. В продължение на векове, в продължение на почти хилядолетна история манастирът Сан Джовани винаги е останал активен и е запазил много ценни стенописи и древни документи. Остров Патмос е обявен за светец от патриаршията, синодичен акт и закон 1155/81 на гръцката държава. Манастирът, заедно с хорския град и пещерата на апокалипсиса, са обявени за световно наследство от ЮНЕСКО през 1999 г.заради високата им универсална стойност. Манастирът, видим отвън, изглежда като крепост с впечатляващите си стени с височина 15 метра. Всъщност тя е построена на най-високия връх на Патмос с идеята да се създаде място, добре защитено от пирати. След смъртта на монаха е завършено изграждането на могъщите външни стени на главната църква (т.нар. Вътре в манастира има много дворове, манастири и 10 параклиса. В централния двор с три големи арки, построени през 1698 г., се намира католическата църква, състояща се от главната църква, параклис Св. Христос и параклиса на Дева мария. Параклисът, посветен на Богородица, има правоъгълно оформление и съдържа най-старите стенописи на манастира, датиращи от края на XI век. Вътре в църквата, с гръцки кръст и централен купол, има иконостас от 1820 г.и някои стенописи от 17-ти век.