Място на дълбока святост, криптата е избрана от Сан Карло Боромео като лично молитвено място, което ходи всяка сряда и петък следобед. Не беше необичайно да го видите да прекарва цели нощи в това, което самият той нарича "гимназия на Светия Дух", в поклонение на симулатора на Христовия ковчег. Поради тази причина, след канонизацията му, е поставена полихромна теракота статуя, изобразяваща светец, коленичил пред саркофага.
Криптата също така позволява на посетителите да се свържат с едно от най-старите свидетелства в историята на града. Паважът, състоящ се от големи бели каменни плочи "Верона", всъщност идва от паважа на древния римски форум от 4-ти век, централния площад на Римския чивитас, където се провеждат най-големите граждански и религиозни събития.
Отново е отворен за обществеността, след петдесет години, през 2016 г., впоследствие криптата е предмет на сложна реставрация, финансирана MIBAC, и приключи в края на пролетта на 2019 г., насочени главно към възстановяване декорирани повърхности. Благодарение на реставрацията наистина се появиха забележителни стенописи и орнаменти, като декоративния цикъл на звездите и растителните елементи върху сводовете на презвитерията, датиращи от края на двеста. Също така са били възстановени две красиви и интензивни разпятието (един на стълбите надолу, друг тринадесети век в пресвитерии), три стоящи фигури на Магдалена, на Йоан Кръстител и св. Елена, майката на Константин (или, може би, св. Екатерина Александрийската), вечеря в къщата на Симон в лявото крило на пресвитерия, стенописи от хvi век Мадона ди Лорето и Мадона и Санти Роко и Джовани Батиста в атриума и гипс и украса на седемнадесети век апсида, с участието на инструменти страст.