Музей окупацій був відкритий 1 липня 2003 року і присвячений періоду 1940-1991 років в історії Естонії, коли країна була окупована Радянським Союзом, потім нацистською Німеччиною, а потім знову Радянським Союзом. Протягом більшої частини цього часу країна була відома як естонська Радянська Соціалістична Республіка.