Музей был построен в 1933-1939 годах для размещения двух гигантских кораблей, принадлежавших императору Калигуле (37-41 гг. н.э.), которые были обнаружены в водах озера в 1929-1931 годах. Поэтому это был первый музей в Италии, построенный для его содержимого - двух корпусов размером 71,30 x 20 м и 73 x 24 м соответственно, которые, к сожалению, были уничтожены во время пожара в 1944 году. Вновь открытый в 1953 году, музей был снова закрыт в 1962 году и, наконец, вновь открыт в 1988 году.
В новой планировке левое крыло посвящено кораблям, некоторые материалы которых представлены на выставке, например, реконструкция крыши с бронзовой черепицей, два якоря, обшивка носового колеса, некоторые оригинальные или реконструированные бортовые устройства (нория, поршневой насос, блок, платформа на шарикоподшипниках). Также на выставке представлены две модели кораблей в масштабе 1:5 и полномасштабная реконструкция кормового апостиля первого корабля, на котором установлены бронзовые копии ящиков с феринговыми протомами.
Правое крыло, напротив, посвящено заселению албанской территории в республиканскую и императорскую эпоху, с особым акцентом на культовые сооружения; здесь выставлены вотивные материалы из Веллетри (Сан-Клементе), Камповерде (Латина), Генцано (палица Пантаначчи) и святилища Дианы в Неми, а также материалы из коллекции Русполи. Внутри этого крыла также можно полюбоваться музеефицированным участком римской брусчатки клива Вирбий, которая вела из Ариччии в святилище Дианы.
