Уникальный музей посвящен 6 000-летней истории хлеба как неотъемлемой основы человеческой культуры и цивилизации. Своим созданием и развитием он обязан десятилетиям личной работы Вилли Эйзелена (1896-1981) и его сына Германа Эйзелена (родился в 1926 году). Оба они занимались производством и продажей хлебопекарных ингредиентов и были одними из ведущих поставщиков хлебобулочных изделий.
В 1955 году эти два предпринимателя основали музей под названием "Немецкий музей хлеба" в качестве ассоциации. Первая постоянная экспозиция датируется 1960 годом. Это был первый и на протяжении многих лет единственный музей такого рода в мире. Это было сугубо частное учреждение, финансируемое основателями. В 1991 году финансирование музея перешло к Фонду Эйзелен, независимому благотворительному учреждению; в это же время музей переехал в Зальцштадель, исторический склад в центре Ульма.
Здесь музей процветал и в 2004 году принял миллионного посетителя.