Місце глибокої святості, склеп був обраний Сан-Карло Борромео в якості особистого молитовного місця, куди він ходив щосереди і п'ятницю вдень. Нерідко було бачити, як він проводить цілі ночі в тому, що він сам назвав "гімназією Святого Духа", в поклонінні симулякру Гробу Христа. З цієї причини після його канонізації була встановлена поліхромна Теракотова статуя, що зображає святого, що стоїть на колінах перед саркофагом.
Крипта також дозволяє відвідувачам увійти в контакт з одним з найстаріших свідчень в історії міста. Мощення, що складається з великих плит білого каменю "Верони", насправді походить від мощення стародавнього римського Форуму 4-го століття, головної площі Римської чівітас, де проводилися найбільші цивільні та релігійні заходи.
Знову відкритий для публіки після п'ятдесяти років в 2016 році, згодом крипта була предметом складної реставрації, фінансованої MIBAC, і завершилася в кінці весни 2019 року, спрямованої головним чином на відновлення прикрашених поверхонь. Завдяки реставрації, дійсно, з'явилися чудові фрески і прикраси, такі як декоративний цикл зірок і рослинних елементів на склепіннях пресвітерія, датований кінцем двісті. Також були відновлені два красивих і інтенсивних розп'яття (один на сходах вниз, інший тринадцятого століття в пресвітерії), три стоять фігури Магдалини, Іоанна Хрестителя і Олени, матері Костянтина (або, можливо, Святої Катерини Олександрійської), вечеря в будинку Симона в лівому крилі пресвітерія, фрески шістнадцятого століття Мадонни ді Лорето і Мадонни і Санті Рокко і Джованні Баттіста в атріумі і ліпнина і прикраси сімнадцятого століття апсиди, із зображенням інструментів пристрасті.
