Всередині Цитаделі можна також відвідати Гаремний палац Мухаммеда Алі. Музей палацу принца Мухаммеда Алі в Маніалі є одним з найкрасивіших і найважливіших історичних музеїв Єгипту. Музей експонує важливий період в історії сучасного Єгипту і вирізняється своїм архітектурним задумом. Його сучасний ісламський стиль поєднується з перськими та мамлюкськими елементами. Він також був натхненний сирійськими, марокканськими та андалузькими мотивами, а також османським стилем. Таким чином, будівля гармонійно поєднує низку ісламських архітектурних традицій.
Палац принца Мухаммеда Алі Тауфіка був побудований між 1319- 1348 рр. хіджри/ 1900-1929 рр. н.е. і складається із зовнішньої стіни, яка оточує вхід до палацу. Усередині стін знаходиться приймальня, годинникова вежа, сабіл, мечеть, мисливський музей, житлові приміщення, тронний зал, приватний музей і золотий зал, на додаток до чудового саду, що оточує палац. Палац прийомів - це перше, що ви бачите, коли входите до палацу. Його пишні зали, щедро прикрашені кахлями, люстрами і різьбленими стелями, призначалися для прийому престижних гостей, таких як відомий французький композитор Каміль Сен-Санс, який давав у палаці приватні концерти і написав деякі свої твори, зокрема, Концерт для фортепіано з оркестром № 5 "Єгипетський". 5 "Єгипетський". У залі прийомів зберігаються рідкісні предмети антикваріату, зокрема килими, меблі, арабські розписні столи. Кажуть, що у принца була команда, яка займалася пошуком рідкісних артефактів і привозила їх до нього для експонування у його палаці та музеї.
Палац складається з двох поверхів. На першому знаходиться почесна кімната для прийому державних діячів і послів, а також зал для прийому старших віруючих, які щотижня сиділи з принцом перед п'ятничною молитвою, а верхній включає два великих зали, один з яких виконаний в марокканському стилі, де його стіни були покриті дзеркалами і фаянсовими плитками, а інший зал виконаний в левантійському стилі, де стіни покриті деревом з барвистими геометричними і рослинними мотивами з висловами з Корану і віршами з віршів.
Не менш вражаючим є Резиденційний палац, де одним з найвишуканіших експонатів є ліжко, виготовлене з 850 кг чистого срібла, яке належало матері принца. Це головний палац і перша будівля, яка була побудована. Він складається з двох поверхів, з'єднаних сходами. На першому поверсі розташовані фонтанне фойє, харамлик, дзеркальна кімната, Блакитна вітальня, вітальня-черепашка, Шекма, їдальня, камінна зала, а також кабінет і бібліотека князя. Найцікавішою кімнатою, мабуть, є Блакитна вітальня з шкіряними диванами, прикріпленими до стін, прикрашених блакитними фаянсовими плитками та олійним живописом в стилі орієнталізму.
Далі розташований Тронний палац, який вражає уяву. Він складається з двох поверхів, нижній називається Тронним залом, стеля якого вкрита сонячним диском із золотими променями, що тягнуться до чотирьох кутів кімнати. Диван і крісла обтягнуті велюром, а кімната завішана великими фотографіями деяких правителів Єгипту з роду Мухаммеда Алі, а також картинами із зображенням пейзажів з різних куточків Єгипту. Саме тут принц приймав своїх гостей у певних випадках, наприклад, на свята. Верхній поверх складається з двох залів для зимового сезону, а також рідкісної кімнати, яку називають Обюссонською, оскільки всі її стіни покриті фактурою французького обюссона. Вона присвячена колекції Ільхамі-паші, дідуся принца Мухаммеда Алі по материнській лінії.
Ще одна чудова зала - Золота, названа так тому, що оздоблення всіх її стін і стелі виконано в золоті, яка використовувалася для офіційних урочистостей, незважаючи на те, що була позбавлена антикваріату. Можливо, це пояснюється тим, що його стіни і стеля вкриті різьбленими позолоченими рослинними і геометричними мотивами. Принц Мухаммед Алі фактично переніс цю залу з будинку свого діда Ільхамі-паші, який спочатку побудував її для прийому султана Абдул Маджида І, який прибув вшанувати Ільхамі-пашу з нагоди його перемоги над Російською імперією у Кримській війні.
Прибудована до палацу мечеть має стелю в стилі рококо та міхраб (нішу), прикрашену блакитними керамічними плитками, а праворуч - невеликий мінбар (кафедру), прикрашену позолоченим орнаментом. Керамічний витвір створив вірменський кераміст Давид Оганесян, родом з Кутаїсі. Мечеть має два айвани, стеля східного айвана виконана у вигляді невеликих куполів з жовтого скла, а західний айван прикрашений орнаментом у вигляді сонячних променів.
Між приймальним залом і мечеттю розташована Годинникова вежа, що знаходиться в межах палацу. Вона поєднує в собі стилі андалузьких і марокканських веж, які використовувалися для спостереження і передачі повідомлень за допомогою вогню вночі і диму вдень, до неї прикріплений годинник, розміщений вгорі, стрілки якого виконані у вигляді двох змій. У нижній частині вежі, як і в багатьох інших частинах палацу, розміщені писання з Корану.
Дизайн палацу поєднує європейський модерн і рококо з традиційними ісламськими архітектурними стилями, такими як мамлюкський, османський, марокканський, андалузький і перський. За часів правління принц Мохаммед Алі проводив тут багато прийомів і зустрічей для вищих пашів і міністрів країни, високопосадовців, письменників і журналістів. Принц попросив, щоб після його смерті палац був перетворений на музей.
Після революції 1952 року майно нащадків Мохаммеда Алі-паші було конфісковано, а палац перетворено на музей і громадськість нарешті змогла на власні очі побачити ту велич, в якій жили королівські родини.