У церкви була бурхлива історія. У 512 році нашої ери Сен-Жермен, який пізніше став єпископом Парижа, переконав короля Меровінгів Хільдеберта побудувати абатство з церквою. Церква, в якій зберігалися важливі реліквії, була присвячена Святому Вінсенту і святому Хресту. Це була одна з найважливіших церков у Франції і місце останнього спочинку королів династії Меровінгів. Його дах був пофарбований в золотий колір, що призвело до назви "Сен-Жермен-ле-Доре" (позолочений Сен-Жермен). У дев'ятому столітті церква кілька разів піддавалася розграбуванню вікінгами і в кінцевому рахунку була знищена пожежею. Приблизно в 1000 році почалася реконструкція церкви, і врешті-решт вона була освячена в 1163 році. У період Пізнього Середньовіччя в комплексі бенедиктинського абатства був зведений ряд додаткових будівель, які перетворилися в одне з найбільших і важливих у всій Франції.
Під час Французької революції релігійні ордени були придушені, і Абатство використовувалося як склад. Сильний вибух пороху, що зберігався в трапезній, знищив майже весь комплекс і серйозно пошкодив церкву.
Церква сьогодні Нинішній вигляд церкви-результат реконструкції в дев'ятнадцятому столітті, коли архітектора Віктора Балтара і художника Жана-Іполита Фландрена попросили відновити церкву в її колишньому пишноті.
Зовнішній вигляд церкви визначається її міцною дзвіницею, однією з найстаріших у всій Франції. Ще дві вежі, побудовані по обидва боки трансепта, не пережили епоху революції. Інтер'єр демонструє суміш різних архітектурних стилів, результат триваючого будівництва протягом століть. Оригінальні колони шостого століття підтримують хор дванадцятого століття; романські арки поєднуються з готичними склепіннями, і є навіть елементи бароко. У каплицях церкви є кілька цікавих гробниць, в тому числі гробниці філософа Рене Декарта та Іоанна II Казимира Васи, який був королем Польщі в сімнадцятому столітті, поки не став настоятелем абатства Сен-Жермен-де-Пре.
Квартал Сен-Жермен-де-Пре Церква дала свою назву кварталу Сен-Жермен-де-Пре, жвавому району в шостому окрузі, який придбав свою репутацію літературного району в двадцятому столітті, коли письменники, інтелектуали і філософи зустрічалися в одному з його численних кафе. Філософ Жан-Поль Сартр і Симона де Бовуар часто зустрічалися в" Кафе Флор", а Ернест Хемінгуей був частим гостем в"Les Deux Magots".
Top of the World