Собор Святого Мартина в Айзенштадте впервые упоминается в 1264 году. От этой часовни до сих пор сохранились остатки романского фундамента в районе нынешнего хора. В 13 веке часовня была расширена за счет добавления раннеготического хора. В 14 веке была пристроена часовня для мирян. В 1460 году церковь была перестроена под руководством городского капитана Иоганна Зибенхиртера как укрепленная или оборонительная церковь, поскольку ожидалось нападение турок после падения Константинополя в 1453 году. Готическое здание было закончено в 1522 году. После большого пожара 1589 года прошло почти 30 лет, прежде чем началось строительство сильно пострадавшей церкви, между 1610 и 1629 годами.
В 1777 году был добавлен большой алтарь работы Стефана Дорфмайстера, изображающий "Преображение святого Мартина". В следующем году венский органщик Маллек установил орган по указанию Йозефа Гайдна.
После создания епархии Айзенштадта в 1960 году церковь Святого Мартина была возведена в ранг кафедрального собора. Святой Мартин стал покровителем епархии и Страны. При епископе Стефане Ласло в 1960 году интерьер и окна были обновлены.
Собор славится своей церковной музыкой. Здесь также проходят концерты ежегодного фестиваля Гайдна. В 2002/2003 годах собор был вновь отреставрирован, интерьер обновлен. Современная мебель была разработана художницей Бриджит Кованц.
