Собор Святого Мартіна в Айзенштадті вперше згадується в 1264 році. Від цієї каплиці досі збереглися залишки романського фундаменту в районі нинішнього хору. У 13 столітті каплиця була розширена за рахунок додавання ранньоготичного хору. У 14 столітті була прибудована каплиця для мирян. У 1460 році церква була перебудована під керівництвом міського капітана Йоганна Зібенхіртера як укріплена або оборонна Церква, оскільки очікувалося напад турків після падіння Константинополя в 1453 році. Готична будівля була закінчена в 1522 році. Після великої пожежі 1589 року минуло майже 30 років, перш ніж почалося будівництво сильно постраждалої церкви, між 1610 і 1629 роками.
У 1777 році був доданий великий вівтар роботи Стефана Дорфмайстера, що зображає "перетворення святого Мартіна". Наступного року Віденський органщик Маллек встановив орган за вказівкою Йозефа Гайдна.
Після створення єпархії Айзенштадта в 1960 році церква Святого Мартіна була зведена в ранг кафедрального собору. Святий Мартін став покровителем єпархії і країни. При єпископі Стефані Ласло в 1960 році інтер'єр і вікна були оновлені.
Собор славиться своєю церковною музикою. Тут також проходять концерти щорічного фестивалю Гайдна. У 2002/2003 роках собор був знову відреставрований, інтер'єр оновлений. Сучасні меблі були розроблені художницею Бріджит Кованц.
