На початку 1800-х років склад солі займав землю, на якій пізніше розмістився Президентський палац. Один з найуспішніших торговців Гельсінкі, Йохан Хенрік Хайденштраух, купив цю ділянку і побудував там свій будинок. Будинок Хайденштраух, спроектований Пером Гранштедтом, привернув увагу тим, що був набагато величніше, ніж типові купецькі будинки того часу. Чиновники помітили це, і в 1837 році будинок був куплений для генерал-губернатора Фінляндії.
Цар Микола I також побачив потенціал будинку і зажадав, щоб будівля стала його офіційною резиденцією в Гельсінкі. Палац був відремонтований між 1843 і 1845 роками. За цей час було прибудовано нове крило, в якому знаходилися каплиця, банкетний зал, кухня і бальний зал. Імператорська сім'я не користувалася цим будинком до 1854 року, коли великий князь Костянтин відвідав його на один місяць. Востаннє імператорська сім'я користувалася будівлею під час одноденного візиту Миколи II в 1915 році.
Під час Першої світової війни палац використовувався як військовий госпіталь. Коли в 1917 році цар/великий князь Фінляндський зрікся престолу, палац перейшов у власність Сенату. Вони перейменували будівлю і використовували його в якості штаб-квартири до кінця громадянської війни у Фінляндії. Колишній Імператорський палац згодом використовувався німцями та білим фінським військовим штабом як потенційна резиденція принца Фрідріха та Міністерства закордонних справ.
Коли в 1919 році Фінляндія прийняла нову Конституцію, ця будівля була обрана в якості офіційної резиденції президента. Колишній імператорський палац був відремонтований, і його первісна обстановка була повернута. До 1993 року в президентському палаці проживали всі президенти Фінляндії, крім трьох. Сьогодні президент живе в Мянтініемі, приморській резиденції на заході Гельсінкі.
