Церква є результатом приєднання кількох архітектурних споруд: подвійні сходи на фасаді приховують вхід до розташованої нижче церкви Утіхи ін Карбонара; центральний портал веде до каплиці Святої Моніки, а той, що зліва, - до бічного входу церкви Святого Іоанна.Це одна з найбагатших церков міста.Красива церква була побудована завдяки дворянину Гуальтьєро Галеота, який між 1339 і 1343 роками подарував землю за міськими стінами під назвою "ad carbonetum" Отцям Августинцям, що дозволило їм заснувати монастир і церкву (Віа Карбонара все ще називається так, тому що в середньовіччі це було місце для збору сміття за міськими стінами).З прибуттям до Неаполя короля Ладислава Дураццо розпочалася повна перебудова церкви, яка в основному набула нинішнього вигляду, за винятком деяких змін і доповнень у наступні століття. Про важливість церкви дає уявлення її головний вхід: до нього ведуть монументальні сходи, збудовані у 18 столітті Фердінандо Санфеліче, який створив подвійний сходовий марш, щоб вирішити проблему перепаду висот між вулицею та різними входами до будівель, що утворюють складну архітектурну структуру.Весь комплекс включає в себе ще дві культові споруди - церкву Санта-Моніки та церкву Утішення в Карбонарі; неподалік знаходиться ще одна церква - церква П'єтателла в Карбонарі. Всередині монументальної церкви Сан Джованні а Карбонара, побудованої на прямокутному плані, знаходиться мавзолей короля Ладислава, збудований між 1414 і 1428 роками і багато прикрашений алегоричними фігурами.Позаду пам'ятника знаходиться каплиця Караччоло дель Соле з пам'ятником Серджанні Караччоло, великого синьйора і коханця королеви Джованни. Інші каплиці, такі як каплиці родин Міробалло, Сомма та Караччоло ді Віко, багаті на статуї та важливі надгробні пам'ятники. На стінах - фрески школи Джотто із зображенням сцен монастирського життя та народження Діви Марії. Праворуч від пресвітерії знаходиться каплиця Караччоло ді Віко, ризниця, вівтар Мадонни делле Граціє і надгробний пам'ятник Міробалло.Церква також включала шістнадцять робіт Джорджо Вазарі, створених для церковної ризниці. Панелі були замовлені в 1545 році орденом августинців і реалізовані Вазарі в 1546 році у співпраці з Крістофано Герарді, одним з його найталановитіших співпрацівників. Це були 16 панно, що прикрашали дверцята шаф ризниці, на яких зображені історії зі Старого Завіту та епізоди з життя Івана Хрестителя. Прекрасні роботи пройшли ретельну реставрацію і також були виставлені в Каподімонте.