Церковь является результатом присоединения нескольких архитектурных сооружений: двойная лестница на фасаде скрывает вход в нижележащую церковь Утешения в Карбонаре; центральный портал ведет в часовню Святой Моники, а тот, что слева, - к боковому входу церкви Святого Иоанна.Это одна из самых богатых церквей города.Красивая церковь была построена благодаря дворянину Гуальтьеро Галеота, который между 1339 и 1343 годами пожертвовал землю за пределами городских стен под названием "ad carbonetum" отцам-августинцам, что позволило им основать монастырь и церковь (улица Карбонара до сих пор называется так, потому что в средние века это было место для сбора мусора за городскими стенами).С прибытием в Неаполь короля Ладислава из Дураццо началась полная перестройка церкви, которая в основном приобрела свой нынешний вид, за исключением некоторых изменений и дополнений в последующие века. Важный вход дает представление о значимости церкви: к нему ведет монументальная лестница, построенная в XVIII веке Фердинандо Санфеличе, который создал двойной лестничный марш, чтобы решить проблему разницы в высоте между улицей и различными входами в здания, образующие сложную архитектурную структуру.Весь комплекс включает в себя еще два культовых здания - церковь Санта-Моника и церковь Утешения в Карбонаре; неподалеку находится еще одна церковь - церковь Пиетателла в Карбонаре. Внутри монументальной церкви Сан-Джованни-а-Карбонара, построенной по прямоугольному плану, находится мавзолей короля Ладислава, построенный между 1414 и 1428 годами и богато украшенный аллегорическими фигурами.За памятником находится капелла Караччоло дель Соле с памятником Серджанни Караччоло, великого синискалько и любовника королевы Джованны. Другие капеллы, такие как капеллы семей Миробалло, Сомма и Караччоло ди Вико, богаты статуями и важными надгробными памятниками. Стены украшают фрески школы Джотто, изображающие сцены монашеской жизни и рождение Богородицы. Справа от пресвитерии находится капелла Караччоло ди Вико, ризница, алтарь Мадонны делле Грацие и погребальный памятник Миробалло.В церкви также находилось шестнадцать работ Джорджо Вазари, созданных для церковной ризницы. Эти панно были заказаны в 1545 году орденом августинцев и выполнены Вазари в 1546 году в сотрудничестве с Кристофано Герарди, одним из самых талантливых его сотрудников. Это были 16 картин на панелях, украшавших дверцы шкафов ризницы и изображавших истории из Ветхого Завета и эпизоды из жизни Иоанна Крестителя. Эти прекрасные работы подверглись тщательной реставрации и были также выставлены в Каподимонте.