Църквата е резултат от приобщаването на няколко архитектурни структури: двойното стълбище на фасадата крие входа към намиращата се под него църква "Утешение" в Карбонара; централният портал води към параклиса "Света Моника", а този вляво - към страничния вход на църквата "Свети Йоан".Това е една от най-богатите църкви в града.Красивата църква е построена благодарение на един благородник, Гуалтиеро Галеота, който между 1339 и 1343 г. дарява земята извън градските стени, наречена "ad carbonetum", на отците августинци, което им позволява да основат манастира и църквата (Виа Карбонара все още се нарича така, защото през Средновековието е била място за събиране на боклук извън градските стени).С пристигането в Неапол на крал Ладислав от Дурацо започва цялостно преустройство на църквата, която по същество придобива днешния си вид с изключение на някои изменения и допълнения през следващите векове. Важният вход дава представа за значението на църквата: до него се стига по монументално стълбище, построено през XVIII в. от Фердинандо Санфеличе, който създава двойно стълбище, за да реши проблема с разликите във височината между улицата и различните входове на сградите, образуващи сложната архитектурна структура.Целият комплекс включва още две сгради за поклонение, които са църквата "Санта Моника" и църквата "Утешение" в Карбонара; наблизо има и друга църква - църквата "Пиетатела" в Карбонара. Във вътрешността на монументалната църква Сан Джовани а Карбонара, построена на правоъгълен план, се намира мавзолеят на крал Ладислав, построен между 1414 и 1428 г. и богато украсен с алегорични фигури.Зад паметника се намира параклисът "Карачоло дел Соле" с паметника на Серджани Карачоло, велик синекулар и любовник на кралица Джована. Други параклиси, като тези на фамилиите Миробало, Сома и Карачоло ди Вико, са богати на статуи и важни надгробни паметници. Стените са украсени с фрески от школата на Джото, изобразяващи сцени от манастирския живот и раждането на Богородица. Вдясно от презвитериума се намират параклисът на Карачоло ди Вико, сакристията, олтарът на Мадона деле Грацие и погребалният паметник на Миробало.В църквата са включени и шестнадесет творби на Джорджо Вазари, създадени за църковната сакристия. Паната са поръчани през 1545 г. от Ордена на августинците и са реализирани от Вазари през 1546 г. със съдействието на Кристофано Джерарди, един от най-талантливите му сътрудници. Това са 16 картини на пано, които украсяват вратите на шкафовете в сакристията и изобразяват истории от Стария завет и епизоди от живота на Йоан Кръстител. Красивите творби са подложени на щателна реставрация и също са изложени в Каподимонте.
