אגם קדאגנו הוא אגם מיוחד, מסתורי משום שהוא מורכב משני אגמים חופפים ויקרים משום שהמוזרות הזו הופכת אותו למערכת אקולוגית ייחודית. החלק העליון, במגע עם האטמוספירה, הוא אגם אלפיני רגיל הניזון ממימי השלג הנמסים. המים יורדים על סלעי גרניט והם עניים במלחי מינרלים, ולכן קלים יותר (מים צלולים). השכבה התחתונה של האגם אינה מקבלת מים או חמצן מהעולם החיצון, אלא מוזנת על ידי מעיינות מתחת לאגמים. המים שחוצים את הדולומיטים מועשרים עם מלחי מינרלים (גופרית, סידן, פוספטים, אמוניום, מגנזיום) ונכנסו לאגם ממעיינות מתחת לאגמים (מעיינות גופרית). תוכן המלחים קובע צפיפות גבוהה יותר של מים, אשר דוחק בתחתית.
