בתחילת 1800, מחסן למלח כבש את האדמה שתחזיק מאוחר יותר את ארמון הנשיאות. אחד הסוחרים המצליחים ביותר בהלסינקי, יוהאן הנריק היידנשטראוך, קנה את המגרש ובנה שם את ביתו. בית היידנשטראוך, שתוכנן על ידי פאר גרנשטדט, הפנה את תשומת הלב על היותו גדול בהרבה מבתי סוחרים טיפוסיים של אז. גורמים רשמיים שמו לב והבית נרכש עבור המושל הכללי של פינלנד בשנת 1837.
הצאר ניקולאי הראשון ראה גם את הפוטנציאל של הבית ודרש מהבניין להפוך למעונו הרשמי בהלסינקי. הארמון שופץ בין השנים 1843-1845. במהלך תקופה זו נוספה אגף חדש ובו קפלה, אולם אירועים, מטבח ואולם אירועים. המשפחה הקיסרית לא השתמשה בבית עד 1854, אז ביקר הדוכס הגדול קונסטנטין במשך חודש. הפעם האחרונה בה השתמשה המשפחה הקיסרית בבניין הייתה ביקור של יום אחד של ניקולאי השני בשנת 1915.
במהלך מלחמת העולם הראשונה שימש הארמון כבית חולים צבאי. כאשר הצאר / הדוכס הגדול של פינלנד התפטר בשנת 1917, הארמון הפך לרכוש הסנאט. הם שינו את שם הבניין והשתמשו בו כמפקדה עד סוף מלחמת האזרחים בפינלנד. הארמון הקיסרי לשעבר שימש לאחר מכן על ידי הגרמנים והצוות הצבאי הפיני הלבן, כמקום מגוריו הפוטנציאלי של הנסיך פרידריך וכמשרד לענייני חוץ.
כאשר פינלנד אימצה חוקה חדשה בשנת 1919, הבניין נבחר להיות מעונו הרשמי של הנשיא. הארמון הקיסרי לשעבר תוקן והריהוט המקורי שלו חזר. בארמון הנשיאות שכנו כל נשיאי פינלנד פרט לשלושה עד 1993. כיום מתגורר הנשיא במורטנימי, בית מגורים על חוף הים במערב הלסינקי.
