המוזיאון הארכיאולוגי של מיקונוס הוקם בשנת 1902. המוזיאון הוקם בעיקר כדי לשמר את השרידים שהתגלו מבור הטיהור שראשיתו בשנים 426-425 לפנה"ס. בור זה נחשף בשנת 1898 על ידי החוקר הנודע D. Stavropoulos מהאי הציורי של Rheneia. המאפיין האדריכלי האלגנטי של המוזיאון תוכנן על ידי האדריכל הנודע, אלכסנדרוס ליקאקיס. הרעיון להקמת המבנה שבו שוכן המוזיאון נולד על ידי משרד החינוך בשיתוף החברה הארכיאולוגית של אתונה.אוסף האגרטלים השייכים לתקופה ההלניסטית ראוי לציון גם בנוכחותם. אחת האטרקציות העיקריות של המוזיאון היא הפיתות העשויות למדי, המתארות במיומנות את הסצנות מתפיסת טרויה. הפיתוס המדהים הזה נחשף בשנת 1961 בזמן שחפרים חפרו באר במיקונוס.הפיתוס מתארים באופן אמנותי את נפילת הצבא הטרויאני מסוס העץ המובהק. גוף הפיתוס מוקף בלוחות המתארים חיילים היוצאים למתקפה נגד נשים וילדים חפים מפשע. חוקרים מאמינים שהפיתוס מתוארך למאה ה-7 לפני הספירה. ישנה גם האמפורה הארכאית המאסיבית הבולטת עם עיטור מעוצב בצורה מורכבת. חשוב במיוחד הוא פסל עם ספינקס על הצוואר וראש סוס על הגוף.גם אבן הקבר של גליקון בולטת בנוכחותה שהתגלתה אגב בים. הקורבן נראה יושב על הסלעים, במצב רוח נוקב ומהורהר בוהה אטום לכיוון חרטום הספינה. על הכן יש כתובת עם המילים האלה גליקון, בנו של פרוטוגניס, סגולה, שלום לך. אבן הקבר הזה היא אחד האוספים היקרים של המוזיאון.מלבד אבן הקבר של גליקון, ישנה גם את אבן הקבר של טרטיה הורריה. האישה המנוחה נראית יושבת ומושטת את ידה הנפרדת אל בעלה המוצב ממש מלפנים. יש גם תמונה של ילדה שפחה עם מיכל התכשיטים של הגברת המנוחה שלה. אבן קבר זו הוצבה על גבי סרקופג שיש ועליו הכתובת Tertia Horaria בבית הקברות ההלניסטי הנודע שנמצא ברנייה. מאמינים שהוא שייך למאה ה-2 לפני הספירה.יש גם את הפסל של הרקלס מרנייה. הפסל היקר הזה נמצא בשנת 1899 בתוך גן עדן בטוח של הרקלס. האיש האמיץ מתואר בעירום ומחזיק בידו השמאלית מועדון ועור אריה. הפסל המעולה הזה עשוי מהמגוון המשובח ביותר של שיש פאריאן ומאמינים שהוא שייך למאה ה-2. המחבת הקיקלאדית המובהקת עם הקישוט המורכב שלה, הכוללת את איברי המין הנשיים בחלק התחתון, נחשפה מקבר מיקונוס, ומאמינים שהיא שייכת לעידן הקיקלאדי הקדום.אחד החפצים הידועים ביותר של המוזיאונים הוא ההידריה הארכאית המעוטרת בדפוסי פרחים מעוצבים בצורה מורכבת ותמונות של סוסים. זה רק אחד מבין האגרטלים הרבים שנחשפו מבור הטיהור. גם ההידריה האדומה המופלאה שווה בדיקה והיא בולטת בגזרה של נייקי מעופפת. נראה צבי רץ לכיוון הצד השמאלי.ידוע שהציוויליזציה היוונית העתיקה השתמשה בחימר כדי לתת צורה לדמויות אמנותיות. המוזיאון הארכיאולוגי של מיקונוס מציג צלמית חימר מעולה של אישה יפהפייה שמתוארת הלובשת את הצ'יטון וההימציה המסורתיים. פסלון חרס נדיר זה התגלה ב-Rheneia ומתוארך למאה ה-2. כמו כן בולט בנוכחותו פסלו של מת הלבוש בלבוש המסורתי. כמו צלמית החימר של האישה היפה, גם פסל זה של המת נחשף מהיישוב ההלניסטית Rheneia.