המוזיאון הארכיאולוגי של קפלוניה הוא מוזיאון הממוקם באי קפלוניה, יוון. המוזיאון מחזיק באוסף גדול של חפצים ארכיאולוגיים מהאי ומסביבתו, לרבות כלי חרס, פסלים, מטבעות ועוד. רוב החפצים הללו מתוארכים לימי קדם, וחלקם מתוארכים לתקופה המינואית והתקופה הקלאסית.במוזיאון יש גם חלק המוקדש לארכיאולוגיה תת-ימית, הכולל חפצים שנמצאו בקרקעית הים המקיפה את האי. אלה כוללים ספינות טרופות, כלי חרס, אמפורות וחפצים נוספים מתקופות היסטוריות שונות, מהעת העתיקה ועד ימי הביניים.המוזיאון הארכיאולוגי של קפלוניה הוא תחנה חשובה לחובבי היסטוריה וארכיאולוגיה ומציע צוהר ייחודי למורשת התרבותית העשירה של האי. הבניין עצמו הוא גם דוגמה לארכיטקטורה מודרנית ומספק סביבה מסבירת פנים ומוארת לצפייה בתערוכות.
