המוזיאון נוסד במחצית השנייה של המאה ה-19, לאחר סדרה של תרומות מכל חלקי העולם, עקב מעריצים רבים של הרפובליקה והועלה בתחילה על ידי הרוזן לואיג ' י סיברריו, שר ויטוריו אמנואלה השני ופלנפוטוטו (vittorio Emanuele II) מאז האמנה הראשונה עם ממלכת איטליה (1862).
הוא נחנך בשנת 1899 בפלאצו ואלוני, מקום מושבה של ספריית הממשלה. ב-1982 היא הפכה לאוטונומית, ואורגנה מחדש בפלאצו פרגאמי בלוזי העתיק, שופץ ונפתח מחדש לציבור ב-18 במרץ 2001.
יש בה חומרים היסטוריים ואמנותיים (כמעט 5000 חלקים), חלקם מסן מרינו ורלוונטיים להיסטוריה שלה, ואחרים ממוצא שונה, בשל רכישות, כמו גם תרומות שנעשו למדינה מ-1865 עד היום.
