החלק החשוב ביותר של המנזר וכנסיית הקפוצ'ינים הוא הקריפטה הבסיסית, מה שהפך את העיירה סבוקה למפורסמת. הוא נבנה מתחת לכנסייה ולכיכר הפונה בתחילת המאה ה-16. בפנים יש 37 מומיות. הראשון מתוארך לשנת 1776, מאת האציל פייטרו סלבדור, והאחרון ל-1876, זה של ג'וזפה טרישיטה. באשר למנזר הקפוצ'ינים של פאלרמו, המומיות שייכות לאצולת סבוקה, כמו למשל, פטריציים אצילים, עורכי דין, כמרים, נזירים, אבות מנזר, רופאים, משוררים, שופטים ושלושה ילדים. מכיוון שהמומיות, בסוף תהליך החניטה, היו לבושות בבגדים אלגנטיים, בגומחות ובארונות המתים שמכילים אותן, מופיע לנו כפר תקופתי קטן, כמעט כמו צילום: הסבוקה של פעם.מתוך 37 המומיות, 17 מוצגות לאורך קיר הקריפטה, הכלולים בגומחות, האחרות נשמרות בכדים ובארונות קבורה, גם הם במרתף. יש גם מזבח, כנראה לחגיגת מיסות זכות הבחירה.לקח כשישים יום "לייצר" מומיה ותהליך החניטה היה דומה כמעט בכל סיציליה. זו הייתה שיטה שנקראת ייבוש טבעי. בתחילה, הגוף עבר אמבטיה של יומיים בדילול של מלח וחומץ. לאחר המתנה לניקוז המעיים, הוא נלקח לקריפטה, שם התבצע ייבוש "טבעי", הודות לזרמי האוויר האופייניים לסביבה. לאחר שהושגה המומיה, היא הולבשה בבגדיה והוצגה בחגיגיות בתוך הקריפטה.זה שהחניטה הפכה לסוג של אופנה במאה התשע עשרה הסיציליאנית מומחשת על ידי הנוכחות בסאבוקה עצמה (ובשאר סיציליה, כפי שנראה) של קריפטות אחרות ומומיות אחרות, כמו בכנסיית האם של סנטה מריה. ב-Cielo Assunta, שנבנה בשנת 1130 והיום אנדרטה לאומית איטלקית, שבתוכה נשמרות גופות נוספות של ידועים מהעיירה.בשנת 1998, במהלך עבודות השיקום של כנסיית ההתעברות ללא רבב שנפלה לחורבה (לשמש כמרכז פילהרמוני עירוני), נמצאה הקריפטה העתיקה מתחת לרצפת המקדש, שם הנזירים של מנזר המקדש. אחים קטינים נקברו פרנציסקנים ותושבי מחוז סן רוקו עצמם.
