קברו של סנט קלייר עוצב ורצה מחוץ לפורט אורבייקה, בכנסיית סן ג ' ורג ' יו, שם פרנסיס כבר נקבר באופן זמני ומקום קבורתו של הקדוש ב-12 באוגוסט 1253. כנסיית סן ג ' ורג ' יו הייתה ממש מחוץ לשער העיר, מעט נמוך יותר מהדרך שבה עזבה את העיר ועמדה בראש "נגד איספלום"; דרך נוספת עלתה לסן רופינו, ושלישית, לאורך החומה הרומאית, ירדה לכיוון פורטה מיאנו. לכן המקום נקרא "Tribium S. Georgii". בין הדרך והכנסייה עמד, לא מזמן, בית חולים סופח לכנסייה; הכל היה תלוי בפרק של הקתדרלה.
בעוד שהכנסייה-מאוזוליאום הוקמה לכבוד פרנציסקוס הקדוש, הוחלט על המקום רק שנתיים לאחר מותו, כדי שהאחד יוקדש לסנט קלייר, אנחנו באופן מיידי בכיוון ההפוך לעיר, ממש ליד כנסיית סנט ג ' ורג ' (מרינו ביגארוני, הבזיליקה מסנט אסיסי, p.13). שלוש שנים לאחר מותו ושנה לאחר הקמת סנט קלייר החלה בשנת 1257 לבניית הבזיליקה של סנט קלייר סביב הכנסייה העתיקה של סנט ג 'ורג', שעד שנת 1230 שמרו על שרידי התמותה של סנט פרנסיס. שרידי הקדוש הועברו ב-1260, בעוד הקידוש החגיגי התרחש ב-1265, בנוכחות קלמנט הרביעי, עבודת הבנייה בוצעה על ידי האדריכל פיליפו דה קמפלו. הקריפטה שכעת מכילה את קברו של הקדוש נבנתה רק בשנת 1850.
