שהייה בבירת מלטה אינה שלמה ללא ביקור בקתדרלת St John's Co-Cathedral מלטה. הפרויקט הוזמן בשנת 1572 על ידי המאסטר הגדול ז'אן דה לה קסיירה כדי לשמש ככנסייה של מסדר אבירי סנט ג'ון, ותוכנן על ידי האדריכל המלטזי ג'רולמו קאסר. העבודה הושלמה עד 1577 והוקדשה לג'ון המטביל הקדוש, אחד משני הקדושים הפטרונים של המסדר. קתדרלת סנט ג'ון בוואלטה מציגה את חשיבותה של הנצרות למדינת מלטה. מבחוץ, הקתדרלה הזו מהמאה ה-16 אולי לא נראית כמו הרבה, אבל תציצו פנימה וצפויה לכם הפתעה אמיתית. הקתדרלה שופצה במאה ה-17 ויש לה עיצוב בארוק מפואר. מלבד אמנות הבארוק והשרידים העשירים שלה, קתדרלת קו מחזיקה גם ציורי קיר מרשימים בסגנון הבארוק, רצפות שיש מעוטרות, פסלים תלת מימדיים, קירות אבן מגולפים ותקרות מקומרות עוצרות נשימה שעוטרו על ידי אמן הבארוק האיטלקי הידוע, מתיה פרטי. הקתדרלה המשותפת היא גם ביתם של אחת היצירות המוכרות ביותר בעולם של מיכלאנג'לו מריסי דה קאראווג'יו, המכונה ‘עריפת ראשו של יוחנן המטביל הקדוש’ (1608). הציור, הממוקם בתוך האורטוריה, הוא יצירת האמנות הגדולה ביותר של קאראווג'ו והיחידה שנשאה את חתימתו. בכל יום בשנה, מבקרים עושים את דרכם לקתדרלה כדי לקבל הצצה על יצירות האמנות המפורסמות, ורבים יחזרו לקתדרלה בכל פעם שהם על האי. הקתדרלה עצמה מורכבת מתשע קפלות מעוטרות ברהיטות משני הצדדים; שמונה נבנו עבור כל אחת מהשפות של אבירי סנט ג'ון, והתשיעית מוקדשת לקדושה הפטרונית שלהם, גבירתנו מפילרמוס, הפטרונית השנייה של המסדר. הקפלה האחרונה היא גם ביתה של אייקון עתיק של הגברת מפילרמוס, שהאבירים ראו בה כחפץ קדוש. St John's Co-Cathedral מלטה מחזיקה גם קריפטה מסתורית המכילה את קברי המאסטרים הגדולים של אבירי סנט ג'ון בעבר.
