تم تشييد المتحف الأثري في ميكونوس عام 1902. وقد تم إنشاء المتحف في المقام الأول للحفاظ على الآثار المستخرجة من حفرة التنقية التي يعود تاريخها إلى 426-425 قبل الميلاد. تم اكتشاف هذه الحفرة في عام 1898 بواسطة العالم الشهير د. ستافروبولوس من جزيرة ريينيا الخلابة. تم تصميم الميزة المعمارية الأنيقة للمتحف من قبل المهندس المعماري الشهير ألكسندروس ليكاكيس. ولدت فكرة بناء المبنى الذي يضم المتحف من قبل وزارة التربية والتعليم بالتعاون مع الجمعية الأثرية في أثينا.مجموعة المزهريات التي تنتمي إلى الفترة الهلنستية جديرة بالملاحظة أيضًا من خلال وجودها. واحدة من مناطق الجذب الرئيسية في المتحف هي البيثوس المصنوع من الناحية الفنية والذي يصور بمهارة المشاهد من القبض على طروادة. تم اكتشاف هذا الحجر الرائع في عام 1961 أثناء قيام الحفارين بحفر بئر في ميكونوس.يصور البيثوس بشكل فني سقوط جيش طروادة من الحصان الخشبي المثالي. جسد البيثوس محاط بألواح تصور الجنود وهم يشنون هجومًا ضد النساء والأطفال الأبرياء. يعتقد العلماء أن البيثوس يعود تاريخه إلى القرن السابع قبل الميلاد. هناك أيضًا الأمفورا القديمة الضخمة التي تتميز بزخارفها المعقدة. له أهمية خاصة تمثال مع أبو الهول على الرقبة ورأس الحصان على الجسم.إن شاهدة قبر جليكون واضحة أيضًا من خلال وجودها الذي تم اكتشافه بالمصادفة في البحر. يُرى الضحية جالسًا على الصخور ، في مزاج مؤثر ومدروس يحدق بهدوء في اتجاه مقدمة السفينة. يوجد على قاعدة التمثال نقش بهذه الكلمات Glykon ، ابن Protogenis ، فاضل ، أجر إليك جيدًا. هذه الشاهدة هي واحدة من مجموعات المتحف التي لا تقدر بثمن.بصرف النظر عن شاهدة Glykon's Grave ، هناك أيضًا شاهدة Grave of Tertia Horaria. شوهدت المرأة المتوفاة جالسة وتمد يدها الفاصلة إلى زوجها الذي يقف أمامها مباشرة. هناك أيضًا صورة لطفل عبد يحمل علبة مجوهرات لسيدة متوفاة. وُضعت هذه الشاهدة على تابوت رخامي عليه نقش كتبته Tertia Horaria في المقبرة الهلنستية الشهيرة الواقعة في Rheneia. يعتقد أنها تنتمي إلى القرن الثاني قبل الميلاد.يوجد أيضًا تمثال هيراكليس من Rheneia. تم العثور على هذا التمثال الذي لا يقدر بثمن في عام 1899 داخل جنة هيراكليس الآمنة. يصور الرجل الشجاع عاريا ويحمل عصا وجلد أسد في يده اليسرى. يتكون هذا التمثال الرائع من أجود أنواع رخام باريان ويُعتقد أنه يعود إلى القرن الثاني. تم اكتشاف مقلاة سيكلاديك المثالية بزخارفها المعقدة التي تشمل الأعضاء التناسلية الأنثوية في الجزء السفلي من قبر ميكونوس ويعتقد أنها تنتمي إلى العصر السيكلادي المبكر.واحدة من أشهر القطع الأثرية في المتاحف هي Archaic Hydria التي تم تزيينها بنمط الأزهار المصمم بشكل معقد وصور الخيول. إنها واحدة فقط من بين العديد من المزهريات التي تم اكتشافها من حفرة التنقية. تستحق الهيدريا الرائعة ذات الشكل الأحمر أيضًا نظرة وهي واضحة من خلال مكانة Nike الطائرة. شوهد غزال يهرول نحو الجانب الأيسر.عرفت الحضارة اليونانية القديمة باستخدام الطين لتشكيل الشخصيات الفنية. يعرض المتحف الأثري في ميكونوس تمثالًا رائعًا من الطين لامرأة جميلة تُصوَّر على أنها ترتدي الخيتون التقليدي والهيماتيون. تم اكتشاف هذا التمثال النادر من الصلصال في Rheneia ويعود تاريخه إلى القرن الثاني. كما يتجلى في وجوده تمثال رجل ميت يرتدي الزي التقليدي. مثل تمثال المرأة الجميلة المصنوع من الصلصال ، تم اكتشاف هذا التمثال للرجل الميت أيضًا من منطقة Rheneist الهلنستية.