موزه باستان شناسی میکونوس در سال 1902 ساخته شد. این موزه در درجه اول برای حفظ بقایای به دست آمده از گودال پاکسازی که قدمت آن به 426-425 قبل از میلاد باز می گردد، راه اندازی شد. این گودال در سال 1898 توسط محقق مشهور D. Stavropoulos از جزیره زیبای Rheneia کشف شد. ویژگی معماری زیبای موزه توسط معمار مشهور الکساندروس لیکاکیس طراحی شده است. ایده ساخت ساختمانی که موزه را در خود جای داده است توسط وزارت آموزش و پرورش و با همکاری انجمن باستان شناسی آتن متولد شد.مجموعه گلدانهای مربوط به دوره هلنیستی نیز با وجودشان قابل توجه است. یکی از جاذبه های اصلی موزه، پیتوس های نسبتاً هنرمندانه ای است که به طرز ماهرانه ای صحنه های تسخیر تروا را به تصویر می کشد. این پیتوس قابل توجه در سال 1961 هنگامی که حفاران در حال حفر چاه در میکونوس بودند، کشف شد.پیتوس ها به طرز هنرمندانه ای سقوط ارتش تروا از اسب چوبی اساسی را به تصویر می کشند. بدنه پیتوس با تابلوهایی محصور شده است که سربازانی را در حال حمله به زنان و کودکان بی گناه نشان می دهد. محققان معتقدند قدمت پیتوس به قرن هفتم قبل از میلاد برمی گردد. آمفورای عظیم باستانی نیز وجود دارد که با تزیینات پیچیده طراحی شده است. مجسمه ای با ابوالهول بر روی گردن و سر اسب بر بدن از اهمیت ویژه ای برخوردار است.سنگ قبر گلیکون نیز با حضور خود که اتفاقاً در دریا کشف شده است، نمایان است. قربانی نشسته روی صخرهها دیده میشود، با حالتی تند و متفکر و بیپروا به سمت نوک کشتی خیره شده است. روی پایه کتیبه ای با این کلمات گلیکون، پسر پروتوژنیس، نیکوکار، به خیر باش. این سنگ قبر یکی از مجموعه های با ارزش موزه است.به غیر از سنگ قبر گلیکون، سنگ قبر ترتیا هوراریا نیز وجود دارد. زن متوفی نشسته دیده می شود و دستش را به سوی شوهرش که درست در جلو قرار گرفته است دراز می کند. همچنین تصویر یک برده طفل با ظرف جواهرات بانوی متوفی اش وجود دارد. این سنگ قبر در بالای یک تابوت سنگ مرمر با کتیبه Tertia Horaria در گورستان معروف هلنیستی واقع در رنیا قرار داشت. اعتقاد بر این است که متعلق به قرن دوم قبل از میلاد است.مجسمه هراکلس از رنیا نیز وجود دارد. این مجسمه گرانبها در سال 1899 در داخل بهشت امن هراکلس پیدا شد. مرد شجاع برهنه به تصویر کشیده شده و در دست چپش چماق و پوست شیر دارد. این مجسمه نفیس از مرغوب ترین انواع سنگ مرمر پریان ساخته شده است و گمان می رود متعلق به قرن دوم باشد. ماهیتابه اصلی سیکلادیک با تزئینات پیچیده آن که شامل اندام تناسلی زنانه در قسمت پایینی آن است، از گور میکونوس کشف شد و گمان میرود متعلق به دوران اولیه سیکلادیک باشد.یکی از شناخته شده ترین آثار باستانی موزه، هیدریای باستانی است که با طرح های پیچیده گل و تصاویر اسب تزئین شده است. این تنها یکی از گلدان های بسیاری است که از گودال تطهیر کشف شده است. هیدریای قرمز شکل شگفت انگیز نیز ارزش دیدن را دارد و با قامت یک نایک در حال پرواز به چشم می خورد. یک آهو دیده می شود که به سمت چپ می رود.تمدن یونان باستان به استفاده از خاک رس برای شکل دادن به چهره های هنری معروف بود. موزه باستان شناسی میکونوس مجسمه سفالی بسیار زیبایی از زنی زیبا را به نمایش گذاشته است که با کیتون و هیمتیون سنتی به تصویر کشیده شده است. این مجسمه سفالی کمیاب در رنیا کشف شد و قدمت آن به قرن دوم بازمی گردد. همچنین مجسمه مرد مرده ای که لباس سنتی بر تن دارد به چشم می خورد. مانند مجسمه سفالی زن زیبا، این مجسمه مرد مرده نیز از منطقه هلنیستی رنیا کشف شده است.
