सेंट जॉन्स को-कैथेड्रल माल्टा का दौरा किए बिना माल्टा की राजधानी में रहना पूरा नहीं होता है। इस परियोजना को ऑर्डर ऑफ द नाइट्स ऑफ सेंट जॉन के लिए चर्च के रूप में काम करने के लिए ग्रैंड मास्टर जीन डे ला कैसिएरे द्वारा 1572 में शुरू किया गया था, और माल्टीज़ वास्तुकार गेरोलामो कैसर द्वारा डिजाइन किया गया था। काम 1577 तक पूरा हो गया और सेंट जॉन द बैपटिस्ट को समर्पित किया गया, जो ऑर्डर के दो संरक्षक संतों में से एक थे। वैलेटा में सेंट जॉन्स को-कैथेड्रल माल्टा देश में ईसाई धर्म के महत्व को प्रदर्शित करता है। बाहर से देखने पर, 16वीं सदी का यह गिरजाघर उतना खास नहीं दिखता, लेकिन अंदर झांकें और आप वास्तव में आश्चर्यचकित रह जाएंगे। कैथेड्रल को 17वीं शताब्दी में पुनर्निर्मित किया गया था और इसमें एक भव्य बारोक सजावट है। अपनी समृद्ध बारोक कला और अवशेषों के अलावा, सह कैथेड्रल में प्रभावशाली बारोक भित्तिचित्र, अलंकृत संगमरमर के फर्श, त्रि-आयामी मूर्तियाँ, नक्काशीदार पत्थर की दीवारें और प्रसिद्ध इतालवी बारोक कलाकार, मटिया प्रीती द्वारा सजाई गई लुभावनी गुंबददार छतें भी हैं। सह-कैथेड्रल माइकल एंजेलो मेरिसी दा कारवागियो की सबसे अंतरराष्ट्रीय स्तर पर मान्यता प्राप्त कृतियों में से एक का भी घर है, जिसे ‘द बीहेडिंग ऑफ सेंट जॉन द बैपटिस्ट’ के नाम से जाना जाता है। (1608). ऑरेटरी के भीतर स्थित पेंटिंग, कारवागियो द्वारा बनाई गई कला का सबसे बड़ा काम है और उनके हस्ताक्षर वाली एकमात्र पेंटिंग है। वर्ष के हर दिन, पर्यटक प्रसिद्ध कलाकृति की एक झलक पाने के लिए गिरजाघर की ओर जाते हैं, और कई लोग हर बार द्वीप पर आने पर गिरजाघर में लौट आते हैं। कैथेड्रल में दोनों तरफ नौ शानदार ढंग से सजाए गए चैपल हैं; सेंट जॉन के शूरवीरों की प्रत्येक भाषा के लिए आठ का निर्माण किया गया था, और नौवां उनके संरक्षक संत, अवर लेडी ऑफ फिलेरमोस, ऑर्डर के अन्य संरक्षक संत को समर्पित है। अंतिम चैपल फिलेरमोस की महिला के एक प्राचीन प्रतीक का भी घर है, जिसे शूरवीर एक पवित्र वस्तु मानते थे। सेंट जॉन्स को-कैथेड्रल माल्टा में एक रहस्यमय तहखाना भी है जिसमें सेंट जॉन के शूरवीरों के पूर्व ग्रैंड मास्टर्स की कब्रें हैं।