মাইকোনোসের প্রত্নতাত্ত্বিক যাদুঘরটি 1902 সালে তৈরি করা হয়েছিল। যাদুঘরটি মূলত 426-425 খ্রিস্টপূর্বাব্দের পিউরিফিকেশন পিট থেকে উদ্ধারকৃত নিদর্শনগুলি সংরক্ষণ করার জন্য স্থাপন করা হয়েছিল। এই গর্তটি 1898 সালে বিখ্যাত পণ্ডিত ডি. স্ট্যাভ্রোপুলস রেনিয়ার মনোরম দ্বীপ থেকে আবিষ্কার করেছিলেন। জাদুঘরের মার্জিত স্থাপত্য বৈশিষ্ট্যটি বিখ্যাত স্থপতি আলেকজান্দ্রোস লাইকাকিস দ্বারা ডিজাইন করা হয়েছিল। এথেন্সের প্রত্নতাত্ত্বিক সোসাইটির সহযোগিতায় শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের দ্বারা যাদুঘরটি নির্মাণের ধারণাটি তৈরি হয়েছিল।হেলেনিস্টিক যুগের ফুলদানিগুলির সংগ্রহও তাদের উপস্থিতি দ্বারা লক্ষণীয়। যাদুঘরের প্রধান আকর্ষণগুলির মধ্যে একটি হল বরং শৈল্পিকভাবে তৈরি করা পিথোগুলি দক্ষতার সাথে ট্রয় ক্যাপচারের দৃশ্যগুলিকে চিত্রিত করে। 1961 সালে মাইকোনোসে খননকারীরা একটি কূপ খনন করার সময় এই অসাধারণ পিথোসটি আবিষ্কার করা হয়েছিল।পিথোস শৈল্পিকভাবে কাঠের ঘোড়া থেকে ট্রোজান সেনাবাহিনীর পতনকে চিত্রিত করেছে। পিথোদের শরীরে প্যানেল দিয়ে ঘেরা সৈন্যরা নিরপরাধ নারী ও শিশুদের বিরুদ্ধে আক্রমণ চালাচ্ছে। পণ্ডিতরা বিশ্বাস করেন যে পিথোসগুলি খ্রিস্টপূর্ব 7 ম শতাব্দীর। এছাড়াও রয়েছে বিশাল প্রত্নতাত্ত্বিক অ্যামফোরা যা জটিলভাবে ডিজাইন করা অলঙ্করণের সাথে সুস্পষ্ট। বিশেষ তাৎপর্য হল একটি মূর্তি যার ঘাড়ে একটি স্ফিংস এবং শরীরে একটি ঘোড়ার মাথা রয়েছে।গ্লাইকনের গ্রেভ স্টিলও এর উপস্থিতি দ্বারা সুস্পষ্ট যা ঘটনাক্রমে সমুদ্রে আবিষ্কৃত হয়েছিল। শিকারটিকে পাথরের উপর বসে থাকতে দেখা যায়, একটি মর্মস্পর্শী এবং চিন্তাশীল মেজাজে জাহাজের দিকের দিকে শূন্য দৃষ্টিতে তাকিয়ে আছে। পাদদেশে এই শব্দগুলির সাথে একটি শিলালিপি রয়েছে গ্লাইকন, প্রোটোজেনিসের পুত্র, গুণী, তোমাকে ভাল থেকো। এই কবর স্টিল যাদুঘরের অমূল্য সংগ্রহগুলির মধ্যে একটি।Glykon's Grave stele ছাড়াও Tertia Horaria এর Grave stele আছে। মৃত মহিলাকে বসে থাকতে দেখা যায় এবং তার স্বামীর কাছে তার বিচ্ছেদের হাত বাড়াতে দেখা যায় যিনি ঠিক সামনে অবস্থান করছেন। তার মৃত মহিলার গহনার পাত্রের সাথে একটি ক্রীতদাস শিশুর একটি চিত্রও রয়েছে। এই কবর স্টিলটি মার্বেল সারকোফ্যাগাসের উপরে অবস্থিত ছিল যার উপর শিলালিপি টারটিয়া হোরারিয়া লেখা রয়েছে রেনিয়াতে অবস্থিত বিখ্যাত হেলেনিস্টিক কবরস্থানে। এটি খ্রিস্টপূর্ব ২য় শতাব্দীর অন্তর্গত বলে মনে করা হয়।রেনিয়া থেকে হেরাক্লিসের মূর্তিও আছে। এই অমূল্য মূর্তিটি 1899 সালে হেরাক্লিসের নিরাপদ স্বর্গের ভিতরে পাওয়া গিয়েছিল। সাহসী লোকটিকে নগ্ন চিত্রিত করা হয়েছে এবং তার বাম হাতে একটি ক্লাব এবং একটি সিংহের চামড়া রয়েছে। এই সূক্ষ্ম মূর্তিটি প্যারিয়ান মার্বেলের সর্বোত্তম জাতের তৈরি এবং এটি ২য় শতাব্দীর অন্তর্গত বলে মনে করা হয়। এর জটিল অলঙ্করণ সহ সূক্ষ্ম সাইক্ল্যাডিক ফ্রাইং-প্যান যা নীচের অংশে মহিলাদের যৌনাঙ্গকে অন্তর্ভুক্ত করে একটি মাইকোনোস কবর থেকে বের করা হয়েছিল এবং এটি প্রাথমিক সাইক্ল্যাডিক যুগের বলে মনে করা হয়।জাদুঘরের সবচেয়ে পরিচিত নিদর্শনগুলির মধ্যে একটি হল আর্কাইক হাইড্রিয়া যা জটিলভাবে ডিজাইন করা ফুলের প্যাটার্ন এবং ঘোড়ার ছবি দিয়ে অলঙ্কৃত। পিউরিফিকেশন পিট থেকে যে কয়টি ফুলদানি বের করা হয়েছিল তার মধ্যে এটি একটি মাত্র। চমৎকার লাল চিত্রের হাইড্রিয়াও দেখতে ভালো লাগে এবং এটি একটি উড়ন্ত নাইকির আকারের দ্বারা সুস্পষ্ট। একটি হরিণকে বাঁ দিকে ছুটতে দেখা যায়।প্রাচীন গ্রীক সভ্যতা শৈল্পিক মূর্তিগুলিকে আকৃতি দেওয়ার জন্য কাদামাটি ব্যবহার করার জন্য পরিচিত ছিল। মাইকোনোসের প্রত্নতাত্ত্বিক জাদুঘরে একটি সুন্দরী মহিলার একটি চমত্কার ক্লে মূর্তি প্রদর্শন করা হয়েছে যাকে ঐতিহ্যবাহী চিটন এবং হিমেশন পরিহিত হিসাবে চিত্রিত করা হয়েছে। এই বিরল মাটির মূর্তিটি রেনিয়ায় আবিষ্কৃত হয়েছিল এবং এটি ২য় শতাব্দীর। ঐতিহ্যবাহী পোশাক পরা একজন মৃত ব্যক্তির মূর্তিও এর উপস্থিতি দ্বারা সুস্পষ্ট। সুন্দরী মহিলার মাটির মূর্তিটির মতো, মৃত ব্যক্তির এই মূর্তিটিও হেলেনিস্টিক রেনিয়ার এলাকা থেকে বের করা হয়েছিল।