มีการกล่าวถึงโบสถ์แห่งเปลลิซซาโนเป็นครั้งแรกในแผ่นหนังลงวันที่ 12 พฤษภาคม ค.ศ. 1264 โดยมีชื่อเรื่องว่า "Sanctae Mariae"; ดังนั้นจึงต้องพิจารณารากฐานของมันตั้งแต่เนิ่นๆอย่างไรก็ตาม โบสถ์ได้รับการถวายอย่างเป็นทางการในปี ค.ศ. 1474 เมื่อสิ้นสุดการปรับโครงสร้างครั้งใหญ่ของอาคารศักดิ์สิทธิ์ที่กล่าวถึงในเอกสารของปี ค.ศ. 1265 ร่องรอยของโครงสร้างเดิมสามารถพบได้ในหน้าต่างที่มีผนังในด้านหน้าด้านตะวันออกและใน ปริมาตรซึ่งอยู่ทางด้านหน้าด้านทิศเหนือ ล้อมรอบรอยตัดที่อยู่ภายในซึ่งเรียกว่า Canacci Chapelงานตกแต่งและปรับปรุงที่ตามมาได้รับการบันทึกระหว่างศตวรรษที่ 15 ถึง 16 เมื่อกลุ่มภราดรภาพ (เช่น ที่เรียกว่า dei Battuti หรือ Disciplini) สนับสนุนงานของคนงานจากแคว้นลอมบาร์เดีย ซึ่งเราเป็นหนี้อยู่ เช่น การตกแต่ง ห้องนิรภัยทางด้านขวา (สร้างเสร็จในปี 1545 โดย Lainese Rocco de Redis) และการสร้างเฉลียง (สร้างในปี 1524 และทาสีปูนเปียกเสร็จในปี 1533 โดย Simone de Baschenis จาก Avera)
