ชื่อพอนดิเชอร์รีนั้นมาจากคำภาษาทมิฬปุทุเชรีซึ่งมีความหมายว่า 'การตั้งถิ่นฐานใหม่' นิคมของฝรั่งเศสประกอบด้วย Pondy, Yanam, Karaikal และ Mahe ที่น่าทึ่งคือความจริงที่ว่าเขตต่างๆ ของพอนดิเชอร์รีอยู่ภายใต้รัฐต่างๆ เมืองหลวงปอนดิเชอรีตั้งอยู่ในรัฐทมิฬนาฑู ห่างจากเจนไนประมาณ 200 กม. ในขณะที่ Karaikal ยังเป็นส่วนหนึ่งของทมิฬนาฑู Mahe ตั้งอยู่ใน Kerala และ Yanam อยู่ใน Andhra Pradesh วัฒนธรรมฝรั่งเศสมีอิทธิพลอย่างมากต่อเมืองพอนดิเชอร์รี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านสถาปัตยกรรม อันเป็นผลมาจากความสัมพันธ์อันยาวนานหลายศตวรรษของสถานที่แห่งนี้ที่รักษาไว้กับฝรั่งเศส วันนี้ พอนดิเชอร์รีมีชื่อเสียงมากขึ้นเนื่องจากมีความสัมพันธ์กับศรีออโรบินโด Sri Aurobindo ได้เลือกสถานที่ที่สงบสุขและกลมกลืนกันแห่งนี้เพื่อให้เป็นที่พำนักของเขาในทศวรรษที่สองของศตวรรษนี้และอยู่ที่นั่นจนกว่าเขาจะเสียชีวิต นักปฏิวัติทางการเมืองก่อนที่จะมาที่พอนดิเชอร์รี เขากลายเป็นหนึ่งในนักปราชญ์ที่มีชื่อเสียงที่สุดในยุคปัจจุบันซึ่งผลิตโดยอินเดีย ไม่ค่อยมีใครรู้จักพอนดิเชอรีก่อนการตั้งถิ่นฐานในต่างประเทศจะเริ่มต้นขึ้น มีหลักฐานของอาณาจักรปัลลวะ โชลา และวิชัยนครอยู่ทั่วเมือง สิ่งที่น่าสนใจคือโบราณวัตถุของ Arekmedu ซึ่งเป็นเมืองทางโบราณคดีที่มีชื่อเสียง มีท่าเรือซึ่งมีการค้าขายที่สำคัญกับจักรวรรดิโรมัน โดยผ่านท่าเรือนี้ที่อินเดียเคยส่งออกไหม เครื่องเทศ แม้แต่นก สิงโต ช้างไปยังจักรวรรดิโรมันเพื่อแลกกับทองคำ" ในศตวรรษที่ 16 ชาวโปรตุเกสมาถึงที่นี่เป็นครั้งแรก และในศตวรรษต่อมาชาวเดนมาร์กก็ปรากฏตัวขึ้น ในปี ค.ศ. 1673 ชาวฝรั่งเศสเดินทางมาถึง พอนดิเชอรีเป็นหมู่บ้านทอผ้าและประมง ชาวฝรั่งเศสเริ่มตั้งถิ่นฐานตามแนวทะเลและขยายไปทางทิศใต้ตลอดแนวทะเล เมืองค่อยๆ ผุดขึ้นโดยมีป้อมอยู่ตรงกลาง เมือง นักวางแผนพยายามใช้ระบบกริดนี้อย่างมีระเบียบ มันจำเป็นต้องมีการสร้างบ้านหลายหลัง ส่วนใหญ่เป็นบ้านของชาวทมิฬ นอกจากนี้ยังต้องมีการปฏิบัติตามกฎระเบียบที่เข้มงวด โดยรวมแล้ว ชาวฝรั่งเศสใช้เวลาเกือบหนึ่งศตวรรษในการดำเนินการตามแผนของ ในปัจจุบันมีรูปแบบศูนย์กลางโดยมีป้อมอยู่ตรงกลางและถนนโดยรอบ อย่างไรก็ตาม ในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมาได้ขยายออกไปนอกถนน ในปัจจุบัน พื้นที่ใกล้เคียงบางส่วนซึ่งเคยเป็นหมู่บ้านมาก่อนได้ถูกรวมไว้ภายใน เขาเขตเมือง ราวปี 1760 ชาวอังกฤษได้ทำลายเมืองรวมทั้งป้อมปราการด้วย เมื่อฝรั่งเศสเข้ายึดครองใหม่ อาคารส่วนใหญ่ก็ถูกสร้างขึ้นใหม่แต่ไม่ใช่ป้อมปราการ ในช่วงหลังของศตวรรษที่ 18 และต้นศตวรรษที่ 19 พอนดิเชอร์รีตกอยู่ในมือของอังกฤษอีกครั้ง และกิจกรรมการก่อสร้างทั้งหมดก็หยุดชะงัก อาคารส่วนใหญ่ในปัจจุบันเกิดขึ้นในศตวรรษที่ 19 ซึ่งเป็นจุดกำเนิดของน้ำประปาในเมืองและการเชื่อมโยงทางรถไฟกับบริติชอินเดีย เมื่อถึงศตวรรษที่ 20 เมืองได้ขยายไปสู่หมู่บ้านใกล้เคียงหลายแห่ง แม้ว่าจะมีการเปลี่ยนแปลงเพียงเล็กน้อยในเมืองชั้นใน อาณานิคมของฝรั่งเศสแห่งนี้ได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของสหภาพอินเดียในช่วงต้นทศวรรษ 1950 โดยที่ฝรั่งเศสยอมสละการควบคุมโดยสมัครใจ ปัจจุบัน ดินแดนสหภาพแห่งปอนดิเชอรีรวมถึงเขต Karaikal ของฝรั่งเศส (ในรัฐทมิฬนาฑู) อีกสามเขตปกครอง Mahe (ในรัฐเกรละ) และเขตยานัม (ในรัฐอานธรประเทศ)
