พิพิธภัณฑ์โบราณคดีแห่งมิโคนอสสร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2445 พิพิธภัณฑ์แห่งนี้สร้างขึ้นเพื่ออนุรักษ์ร่องรอยที่ค้นพบจากหลุมชำระล้างซึ่งมีอายุย้อนไปถึง 426-425 ปีก่อนคริสตกาลเป็นหลัก หลุมนี้ขุดพบในปี พ.ศ. 2441 โดยนักวิชาการชื่อดัง ดี. สตาฟโรปูลอส จากเกาะเรนีอาอันงดงาม ลักษณะทางสถาปัตยกรรมที่สง่างามของพิพิธภัณฑ์ได้รับการออกแบบโดยสถาปนิกชื่อดัง Alexandros Lykakis แนวคิดในการก่อสร้างอาคารซึ่งเป็นที่ตั้งของพิพิธภัณฑ์เกิดจากกระทรวงศึกษาธิการร่วมกับสมาคมโบราณคดีแห่งเอเธนส์คอลเลกชันของแจกันที่เป็นของยุคขนมผสมน้ำยาก็มีความสำคัญเช่นกัน หนึ่งในจุดดึงดูดที่สำคัญของพิพิธภัณฑ์คือส่วนที่ทำขึ้นอย่างมีศิลปะซึ่งแสดงฉากจากการจับกุมเมืองทรอยอย่างชำนาญ หลุมบ่อที่น่าทึ่งนี้ถูกขุดพบในปี พ.ศ. 2504 ขณะที่นักขุดกำลังขุดบ่อน้ำในมิโคนอสสิ่งที่น่าพิศวงแสดงภาพการล่มสลายของกองทัพโทรจันอย่างมีศิลปะจากม้าไม้ที่เป็นแก่นสาร ร่างกายของ pithos ถูกปิดล้อมด้วยแผ่นภาพทหารที่โจมตีผู้หญิงและเด็กที่ไร้เดียงสา นักวิชาการเชื่อว่า pithos มีอายุย้อนไปถึงศตวรรษที่ 7 ก่อนคริสต์ศักราช นอกจากนี้ยังมีโถโบราณขนาดมหึมาที่โดดเด่นสะดุดตาด้วยการประดับประดาที่ออกแบบอย่างประณีต สิ่งสำคัญเป็นพิเศษคือรูปปั้นที่มีสฟิงซ์อยู่ที่คอและมีหัวเป็นม้าอยู่บนลำตัวGrave stele ของ Glykon ก็โดดเด่นเช่นกันจากการมีอยู่ของมันซึ่งถูกค้นพบโดยบังเอิญในทะเล เหยื่อถูกพบเห็นนั่งอยู่บนโขดหินด้วยอารมณ์ฉุนเฉียวและครุ่นคิด จ้องมองไปทางหัวเรืออย่างว่างเปล่า บนฐานมีคำจารึกว่า Glykon บุตรแห่ง Protogenis ผู้มีคุณธรรม จงทำดี หลุมฝังศพนี้เป็นหนึ่งในคอลเล็กชั่นล้ำค่าของพิพิธภัณฑ์นอกจาก Grave stele ของ Glykon แล้ว ยังมี Grave stele ของ Tertia Horaria ด้วย หญิงที่เสียชีวิตนั่งอยู่และยื่นมือออกไปหาสามีของเธอซึ่งอยู่ด้านหน้า มีรูปลูกทาสกับภาชนะใส่เครื่องประดับของนางผู้วายชนม์ด้วย Stele หลุมฝังศพนี้วางอยู่บนโลงศพหินอ่อนที่มีคำจารึกว่า Tertia Horaria เขียนอยู่บนโลงหินที่สุสานกรีกโบราณที่มีชื่อเสียงซึ่งตั้งอยู่ใน Rheneia เชื่อกันว่าเป็นของศตวรรษที่ 2 ก่อนคริสต์ศักราชนอกจากนี้ยังมีรูปปั้นของ Heracles จาก Rhenia รูปปั้นล้ำค่านี้ถูกพบในปี 1899 ภายในสวรรค์ที่ปลอดภัยของ Heracles ชายผู้กล้าหาญเป็นภาพเปลือยและถือกระบองและหนังสิงโตในมือซ้าย รูปปั้นที่งดงามนี้ทำจากหินอ่อน Parian ที่ดีที่สุดและเชื่อว่าเป็นของศตวรรษที่ 2 กระทะ Cycladic ที่เป็นแก่นสารพร้อมการตกแต่งที่ซับซ้อนซึ่งรวมถึงอวัยวะเพศหญิงที่ส่วนล่างนั้นขุดพบจากหลุมฝังศพของ Mykonos และเชื่อว่าเป็นของยุค Cycladic ตอนต้นหนึ่งในสิ่งประดิษฐ์ที่รู้จักกันดีที่สุดของพิพิธภัณฑ์คือ Archaic Hydria ซึ่งประดับประดาด้วยลวดลายดอกไม้และรูปม้าที่ออกแบบอย่างประณีต เป็นเพียงหนึ่งในแจกันจำนวนมากที่ขุดพบจากหลุมชำระล้าง ไฮเดรียร่างสีแดงที่น่าอัศจรรย์ก็คุ้มค่าแก่การดูเช่นกันและโดดเด่นด้วยความสูงของไนกี้ที่บินได้ เห็นกวางวิ่งหนีไปทางซ้ายมืออารยธรรมกรีกโบราณเป็นที่ทราบกันดีว่าใช้ดินเหนียวเพื่อสร้างรูปร่างให้กับบุคคลทางศิลปะ พิพิธภัณฑ์โบราณคดีแห่งมิโคนอสจัดแสดงรูปปั้นดินเผาที่ยอดเยี่ยมของหญิงสาวสวยที่สวมชุดไคตอนและฮิเมชั่นแบบดั้งเดิม รูปปั้นดินเผาหายากนี้ถูกค้นพบที่ Rheneia และมีอายุย้อนไปถึงศตวรรษที่ 2 ที่เห็นได้ชัดเจนก็คือรูปปั้นของชายที่สวมชุดแบบดั้งเดิม เช่นเดียวกับหุ่นดินเหนียวของหญิงสาวสวย รูปปั้นคนตายนี้ก็ขุดพบจากถิ่นที่อยู่ของกรีกโบราณเรเนียเช่นกัน