ეკლესიას მშფოთვარე ისტორია ჰქონდა. 512 წელს სენ ჟერმენმა, რომელიც მოგვიანებით პარიზის ეპისკოპოსი გახდებოდა, დაარწმუნა მეროვინგიის მეფე ჩილდებერტი, რომ ეკლესიასთან ერთად აეშენებინა სააბატო. ეკლესია, რომელიც გაიმართა მნიშვნელოვანი სიწმინდე, მიეძღვნა წმინდა ვინსენტი და ჯვრის. ეს იყო საფრანგეთის ერთ-ერთი ყველაზე მნიშვნელოვანი ეკლესია და მეროვინგიის მეფეების საბოლოო დასასვენებელი ადგილი. მისი სახურავი იყო ოქროს მოხატული, რამაც გამოიწვია სახელი "სენ-ჟერმენი-ლე-დორე" (მოოქროვილი სენ ჟერმენი). მეცხრე საუკუნეში ეკლესია ვიკინგებმა რამდენჯერმე დაარბიეს და საბოლოოდ ცეცხლით გაანადგურეს. დაახლოებით 1000 წელს დაიწყო ეკლესიის რეკონსტრუქცია და იგი საბოლოოდ მიეძღვნა 1163 წელს. გვიან შუა საუკუნეებში ბენედიქტელთა სააბატოს კომპლექსში აშენდა მრავალი დამატებითი შენობა, რომელიც გადაიქცა ერთ-ერთ უდიდეს და ყველაზე მნიშვნელოვან მთელ საფრანგეთში.
საფრანგეთის რევოლუციის დროს რელიგიური ორდენები ჩაახშეს და სააბატო საწყობად გამოიყენეს. იარაღის ფხვნილის დიდმა აფეთქებამ, რომელიც სატრაპეზოში ინახებოდა, გაანადგურა თითქმის მთელი კომპლექსი და ძლიერ დააზიანა ეკლესია.
ეკლესია დღეს ეკლესიის ამჟამინდელი გარეგნობა მეცხრამეტე საუკუნის განახლების შედეგია, როდესაც არქიტექტორ ვიქტორ ბალტარდს და მხატვარ ჟან-იპოლიტე ფლანდრინს სთხოვეს ეკლესიის ყოფილი ბრწყინვალების აღდგენა.
ეკლესიის ექსტერიერს განსაზღვრავს მისი მტკიცე სამრეკლო, ერთ-ერთი უძველესი მთელ საფრანგეთში. ტრანსეპტის ორივე მხარეს აშენებული კიდევ ორი კოშკი არ გადაურჩა რევოლუციის ეპოქას. ინტერიერი გვიჩვენებს სხვადასხვა არქიტექტურული სტილის ნაზავს, საუკუნეების განმავლობაში მშენებლობის გაგრძელების შედეგად. ორიგინალური მეექვსე საუკუნის სვეტები მხარს უჭერენ მეთორმეტე საუკუნის გუნდს; რომანული თაღები შერწყმულია გოთურ სარდაფთან და ბაროკოს ელემენტებიც კი არსებობს. ეკლესიის სამლოცველოებში რამდენიმე საინტერესო სამარხია, მათ შორის ფილოსოფოსი რენე დეკარტი და იოანე II კასიმირ ვასა, რომელიც პოლონეთის მეფე იყო მეჩვიდმეტე საუკუნეში, სანამ არ გახდა სენ-ჟერმენ-დეს-პრესის სააბატოს წინამძღვარი.
Saint-Germain-des-Prés კვარტალი ეკლესია მისცა თავისი სახელი კვარტალში Saint-Germain-des-Prés, ცოცხალი ფართობი მეექვსე რაიონში, რომელმაც მოიპოვა თავისი რეპუტაცია, როგორც ლიტერატურული რაიონის მეოცე საუკუნის, როდესაც მწერლები, ინტელექტუალები და ფილოსოფოსები შეხვდა ერთი მისი ბევრი კაფე. ფილოსოფოსი ჟან პოლ სარტრი და სიმონ დე ბოვუარი ხშირად ხვდებოდნენ 'Café de Flore' - ში და ერნესტ ჰემინგუეი ხშირი სტუმარი იყო 'Les Deux Magots' - ში.
