伝説によると、神話上の都市の創始者はヘラクレスで、ラティウム地方下部に定住していたとされるレストリゴニア人を倒してセゼに到着し、地元の処女と結ばれて、叙事詩のアポクリファルに記録されている小英雄ファウストを誕生させたとされている。 市の紋章は、ヘラクレスが身に着けていたネメアのライオンが、果物の詰まったコルヌコピアを持ち、ラテン語で「SETIA PLENA BONIS GERIT ALBI SIGNA LEONIS（品物に満ちたセゼは、白ライオンの徽章を負う）」と描かれています。
おそらくラテン系の町であったと思われるが、その後ローマの直轄地となり、紀元前382年、ヴォルスキアから領土を守るためにローマが植民地を設置した。紀元前340年、トリファノの戦いで終結したラテン語の反乱に参加した。マリウスと新羅の内戦で、紀元前82年に新羅に征服された。その後、農業の中心地となり、いくつかの別荘が建てられ、詩人マルシャルやユベナルはワインの産地として言及した。
中世初期には、その要塞のおかげで生き残り、956年には自由なコミューンとして組織された。1046年頃からは、ベネディクト派の修道士リダノ・ダンテナ（1026-1118）が、サン・セシリア修道院を建設し、周辺地域の開拓を行ったことは特筆に値する。グレゴリウス7世（1073年）、パシャル2世（1116年）、ルキウス3世（1182年）はこの時期、セゼに短期滞在していた。近隣の自治体（カルピネート、バシアーノ、プリヴェルノ、セルモネタ）としばしば対立することになった。1381年にカエターニ家の支配下に入ったが、12年後に反乱で追い出された。
1656年、ペストやスペイン、オーストリアの襲撃により、住民は大きな打撃を受けた。1690年、ここに「アッボジャティ文芸科学アカデミー」が設立された。 1798年からのナポレオン占領期には、住民がフランス軍守備隊を追い出した。
