オスマン・トルコがアテネを征服すると、アテネの景観は大きく変化した。スルタンの勅令により、アテネは多民族都市となり、政権が占領している間、ほとんどの寺院やモニュメントを保護し、公共のために再利用することが指示された。1759年、オスマン・トルコのアテネ総督であったムスタファ・アガ・ツィスタラキスは、モナスティラキ広場にモスクの建設を命じた。しかし、スルタンの勅令に反する行為として、ツィスタラキスはモスク建設のための石灰を得るために、オリンピアのゼウス神殿かハドリアヌスの図書館と思われる古代ギリシャ神殿の柱のひとつを破壊することを監督した。この行為は、寺院の破壊は伝染病をもたらすと信じられていた地元の迷信を招いた。その結果、激怒した地元の人々はスルタンに圧力をかけ、宥和策としてツィスタラキスをアテネから追放した。しかし、この追放もむなしく、ツィスタラキスは後に暗殺された。ツィスタラキス・モスクは、八角形の土台の上に半球形のドームを載せた正方形の2階建ての建物で、ギリシャ独立戦争までモスクとして使用された。オスマン・トルコからの独立後、ギリシャ政府はこの建物を、長老たちの集会所、刑務所、兵舎、倉庫、軍事コンサートやイベントの会場など、さまざまな用途に再利用した。建物を飾っていたミナレットは、1839年から1843年の間に破壊された。1915年に改修工事が行われ、1918年にギリシャ工芸博物館として再オープンした。1920年には地上階にオフィスが追加され、1923年には装飾芸術博物館と改名された。1966年、サウジアラビアのサウド国王がアテネを訪問した際、祈りの場として一時的に改修された。1975年からはギリシャ民芸博物館の別館としても機能している。1981年の地震後、建物は修復され、1991年に一般公開が再開され、博物館としての展示スペースが追加された。この複雑な歴史は、ツィスタラキス・モスクが何世紀にもわたって様々な役割を果たしながら、アテネの遺産の永続的な一部であったことを示している。
