アラゴネ城は、15世紀末にアルフォンソ・ダラゴナによって、ポッツォーリ湾をムーア人の侵略から守るために建設された。南イタリア全域で行われた大規模な要塞建設計画の一環として、頻繁に起こるサラセンの侵略に対する有効な防御を提供するとともに、しばしば王権を打倒しようと結束する地元の男爵たちの粘り強い反感から守ることを目的としていた。防衛システムを強化するための大規模な計画は、互いに有機的に結びついた一連の要塞として構想された。そのため、敵艦隊の上陸を阻止するための要塞が、主に海岸沿い(ガエタ、モンドラゴーネ、イスキア、バイア、ポッツオーリ)に建設された。歴史家リッカルド・フィランギエリは、君主が建築家フランチェスコ・ディ・ジョルジョ・マルティーニの助言を得て、ミセノからニシダまでの広い入江を守るためにバイアに要塞を築かせたと報告している。アラゴン時代に建てられたこの城は、スペイン総督領時代の数十年間、軍事技術の革新に伴って大きく変化したため、現在では当時の面影はまったく残っていません。1538年、モンテ・ヌオーヴォの噴火によって城が被害を受けた際、ドン・ペドロ総督の命により、大規模な修復が行われ、その結果、この建物の原始的な建築様式は決定的に失われたのです。しかし、1539年の木版画には、四角形のプランを持つ非常に高いクレネル式の天守閣が描かれており、その周囲を同じくクレネル式の角塔で補強したカーテンウォールが、崖状の土台と四角形のプランを持っている。この新しい建築物は、南に向かってかなり拡大され、凝灰質岩の堤防の上に直接置かれた強力な壁で建設され、今日のような外観を持つようになりました。現在の城砦は細長く、岬の東側斜面に平行に伸びています。北西には、トッレ・テナリアとして知られる監視塔が、その基部の稜堡の形状から高度な位置にあります。南側の反対側の角には、他の2つの稜堡があり、そのうち南東にあるものは海へのアクセスを制御することができ、南西にあるものは陸からの入り口を守るためにあり、曲がりくねった階段を通って最初の跳ね橋に通じていた。西側には、クレネル状の外周に沿って配置された砲台と二重の塁壁によって防御が確保されていた。城の核(マスキオまたはドンジョン)は、岬の一番高いところ、テナグリアの塔の近くにあり、そこへ続く道はさらに3つの跳ね橋で守られていました。1575年、ベンヴェヌート・トルトレッリは、城の防御に弱点があるとして、海側に周囲を囲む壁の建設を提案しました。その約1世紀後の1670年、王宮技師フランチェスコ・アントニオ・ピッキアッティは、バルド・デッレ・ダーメの欄干の修復と、その上のステンダルドと呼ばれる擁壁の修復を含む緊急整備を指示しました。30年間はオーストリア軍に占領され、ナポリ共和国時代には包囲され、さらにジョセフ・ボナパルトのフランス軍に短期間占領されるなど、18世紀には多くの出来事があり、城はその被害を受けた。ブルボン家の再征服後、海辺の要塞は強化され、兵士のための新しい宿舎が建設された。1887年、フレグラア海岸の防衛のための要塞としての役割を終えた城の軍事駐屯地は、それ以降、緩やかな衰退期を迎え、所有者が行政機関から別の行政機関に移管され続けた。第一次世界大戦中、砦は捕虜の収容に使われたため、テナグリア塔のテラスに高い壁が築かれ、囲いが作られた。1926年、ナポリ州とナポリ市の高等委員会は、国有財産局からこの城を大規模な戦争孤児院の敷地として使用するよう要請され、3年の間に、前世紀に建てられた建築物の痕跡を変え、時には取り消して、建物を根本的に変える大工事が行われた。1975年、この城は孤児院として使用されなくなり、所有権は国有財産局に戻りました。1984年、ナポリとカゼルタの考古学監督局(当時)は、この城をフレグラア地区の考古学博物館として使用することを提案しました。最終的に1993年からは、フレグラア地方の考古学博物館の所在地となり、クマエ、プテオリ、リオーネ・テラ、リテルヌム、バイア、ミセヌムの6つの地形セクションからなり、56の博物館室に分かれている。