このユニークな博物館は、人類の文化と文明に不可欠な基盤であるパンの6,000年の歴史に捧げられたものである。この博物館の設立と発展は、ウィリー・アイゼレン(1896-1981)とその息子ヘルマン・アイゼレン(1926年生まれ)の数十年にわたる個人的な取り組みに起因している。二人はベーカリー原料の製造と販売を手がけ、ベーカリー業界ではトップクラスの供給者であった。
二人の企業家は、1955年に協会としてドイツパン博物館を設立した。最初の常設展示は1960年にさかのぼります。この種の博物館としては世界初であり、長い間、唯一のものであった。この博物館は、創設者の資金によって運営される厳格な私的機関であった。1991年には、独立した慈善団体であるアイゼレン・ファウンデーションがその資金を引き継ぎ、同時に博物館はウルム市の中心部にある歴史的な倉庫、ザルツスタデルに移転しました。
2004年には100万人目の来館者を迎え、美術館はさらなる発展を遂げました。