如果不参观马耳他圣约翰联合大教堂，在马耳他首都的逗留就不完整。该项目于1572年由大法师Jean de la Cassiere委托，作为圣约翰骑士团的教堂，并由马耳他建筑师Gerolamo Cassar设计。该工程于1577年完成，并献给施洗者圣约翰，这是骑士团的两位守护神之一。瓦莱塔的圣约翰联合大教堂展示了基督教对马耳他国家的重要性。从外面看，这座16世纪的大教堂可能看起来不大，但偷看一下里面，你就会发现真正的惊喜。这座大教堂在17世纪进行了翻修，拥有华丽的巴洛克式装饰。除了丰富的巴洛克艺术和遗迹，科大教堂还拥有令人印象深刻的巴洛克壁画、华丽的大理石地板、立体雕像、石雕墙和令人窒息的拱形天花板，由意大利著名的巴洛克艺术家Mattia Preti装饰。联合大教堂也是米开朗基罗-梅里西-达-卡拉瓦乔（Michelangelo Merisi da Caravaggio）最被国际认可的作品之一，被称为 "施洗者圣约翰的斩首"（1608）。这幅画位于修道院内，是卡拉瓦乔最大的艺术作品，也是唯一有他签名的作品。一年中的每一天，游客们都会来到大教堂，一睹这幅著名艺术品的风采，而且许多人每次来岛上都会回到大教堂。大教堂本身由两边的九个装饰精美的小教堂组成；其中八个是为圣约翰骑士团的每种语言建造的，第九个是为他们的守护神，也就是骑士团的另一位守护神菲勒莫斯圣母而建造的。最后一个小教堂里还有一个古老的菲勒莫斯夫人的圣像，骑士们认为这是一个神圣的东西。马耳他圣约翰联合大教堂还拥有一个神秘的地下室，里面有圣约翰骑士团历任大团长的坟墓。
