有证据表明，法门庙建于汉灵帝统治时期（公元156-189年），并在北周（公元557-581年）进行了扩建或改建。 它的建造是为了容纳早期从西方旅行的佛教徒，并作为翻译和学习中心。 北周后期，佛教遭到镇压，佛教徒受到迫害。 寺庙被毁，年久失修。 在隋唐时期,佛教在宫廷中再次受到青睐. 即使在道教受到朝廷主要赞助的时期，对北周的大规模镇压也没有重复。
公元618年改名为法门寺，唐武帝用主要的寺庙建筑重建了法门寺。 它被重新命名并多次改名，但最终回到了唐朝开始时给予的法门名称。 法门是许多唐代皇帝佛祖的遗物来源. 每次皇帝想向天求宠，他们都向文物寻求支持，并慷慨地捐赠给寺庙。
由于它的历史，僧侣们建造了一座地下宫殿来存放他们的宝藏，并防止他们窥探眼睛和手。 几个世纪以来，存在于寺庙内的这样一座宫殿的想法变成了神话。 据说他们把修道院的宝藏藏在那里，以防止战争，入侵和镇压政治运动的变幻莫测，但由于没有人能找到它，所以这个故事被打了折扣。 这座宝塔被建造并烧毁了好几次。 唐宝塔是用木头建造的. 在明朝,地震摧毁了寺庙和宝塔的大部分. 1579年明万历年间，为了模仿原来的木结构，建了一座砖塔。 这座寺庙和宝塔在清代进行了多次整修. 早期的共和军将这座寺庙用作营地，但在1940年资助了一项修复项目，以翻新寺庙并为该地区带来就业机会。 佛教僧侣们回到了寺庙。
